Monet ihmiset voivat käyttää estrogeenisalpaajia kokematta merkittäviä sivuvaikutuksia, vaikka kaikista uusista tai kiusallisista oireista, jotka kehittyvät tämän tyyppisen lääkityksen aloittamisen jälkeen, on keskusteltava lääkärin kanssa. Jotkut näiden aineiden yleisimmistä sivuvaikutuksista ovat huimaus, pahoinvointi ja kuumat aallot. Näiden lääkkeiden muita sivuvaikutuksia voivat olla painonnousu, yöhikoilu ja muutokset emättimen vuotamisessa. Estrogeenisalpaajien vakavampia sivuvaikutuksia, etenkin kun niitä käytetään pitkään, voivat olla verihyytymien kehittyminen, allergiset reaktiot tai lisääntynyt lisääntymisterveiden syövän riski.
Useimmat estrogeenisalpaajien sivuvaikutukset ovat suhteellisen lieviä ja voivat vähentyä ajan myötä, kun keho sopeutuu lääkkeeseen. Lievä huimaus on yleinen valitus, mutta jos tämä oire pahenee tai siihen liittyy päänsärky, ota yhteys lääkäriin lisäarviointia varten. Jos pahoinvointi kehittyy tämän tyyppisiä lääkkeitä käytettäessä, se voi auttaa syömään aterian tai juomaan lasillisen maitoa ennen lääkkeen ottamista.
Estrogeenisalpaajia käytettäessä voi kehittyä kuumia aaltoja, yöhikoilua ja muita vaihdevuosien kaltaisia oireita. Näitä lääkkeitä käyttävät ovat raportoineet luu- tai lihaskipuja, painonnousua ja väsymystä. Tämäntyyppistä lääkettä käyttävät voivat lisätä tai vähentää emättimen eritystä. Vaikka useimmat näistä oireista ovat luonteeltaan lieviä, annoksen muuttaminen voi joskus olla mahdollista, jos näistä haittavaikutuksista tulee erityisen kiusallisia.
Estrogeenisalpaajien pitkäaikainen käyttö lisää vakavien sivuvaikutusten tai mahdollisesti kuolemaan johtavien komplikaatioiden kehittymisen riskiä. Veritulppia voi kehittyä milloin tahansa hoidon aikana, mutta riski kasvaa dramaattisesti näiden lääkkeiden pitkäaikaisen käytön yhteydessä. Osteoporoosina tunnettua luukadon muotoa voi myös esiintyä, mikä lisää murtumien mahdollisuutta. Estrogeenisalpaajat voivat lisätä rintasyövän, munasarjasyövän tai muiden lisääntymisjärjestelmään vaikuttavien syöpien kehittymisen riskiä.
Allergiset reaktiot estrogeenisalpaajille ovat harvinaisia, vaikka ne ovat mahdollisia, vaikka lääkkeet olisivat olleet hyvin siedettyjä aiemmin. Lieviä allergiaoireita voivat olla lievä ihottuma tai kutina. Mahdollisesti hengenvaarallinen allerginen reaktio, joka tunnetaan nimellä anafylaksia, voi aiheuttaa oireita, kuten kasvojen tai kurkun turvotusta, rintakipua tai hengitysvaikeuksia. Näitä oireita tulee käsitellä hätätilanteessa, ja sairaalahoitoa tarvitaan usein potilaan terveyden vakauttamiseksi.