Fenyyliefriinihydrokloridin yleisimpiä sivuvaikutuksia ovat vatsavaivat, huimaus ja päänsärky. Jotkut ihmiset voivat myös kokea unihäiriöitä ja hermostuneisuutta. Useimmat ihmiset, jotka käyttävät fenyyliefriinihydrokloridia, eivät huomaa sivuvaikutuksia, ja sivuvaikutukset ovat yleensä vähäisiä. Vaikka se on harvinaista, jotkut ihmiset kokevat vakavia sivuvaikutuksia tämän lääkityksen ottamisesta, kuten epäsäännöllinen syke, virtsaamisvaikeudet ja kohtaukset. Voi olla myös ihmisiä, jotka ovat allergisia fenyyliefriinihydrokloridille, ja niiden sivuvaikutuksia voivat olla kutina ja turvotus sekä ihottuma.
Fenyyliefriinihydrokloridia käytetään tyypillisesti tulehdusta vähentävänä aineena, ja siitä voi olla hyötyä ihmisille, jotka kärsivät allergian tai kylmän aiheuttamasta tukkeutuneesta nenästä. Tämä lääke voi lievittää nenän ja korvien sisäistä turvotusta, jonka on tarkoitus helpottaa hengitystä ihmisille, joilla on poskiontelovaivoja. Näitä dekongestantteja on saatavana sekä käsikaupasta että reseptilääkemuodosta, ja ne ovat tyypillisesti tehottomia hyvin pienillä lapsilla. Lääkärit yleensä neuvovat vanhempia olemaan antamatta fenyyliefriinihydrokloridia alle kuusivuotiaille lapsille, vaikka lääkärit määräävät sitä toisinaan pienemmille lapsille, kun he kokevat, että hyödyt mahdollisesti ylittävät riskit.
Ihmiset, jotka haluavat ottaa fenyyliefriinihydrokloridia kylmän tai poskiontelongelmien hoitoon, voivat ehkä välttää sivuvaikutuksia ottamalla lääkkeen oikein. Annosteluohjeita tulee noudattaa, eikä lääkettä saa ottaa suositettua useammin. Annostusohjeiden noudattamisen lisäksi voi olla hyödyllistä ottaa tämä dekongestantti ruoan kanssa. Vatsavaivat ovat yksi fenyyliefriinihydrokloridin yleisimmin raportoiduista sivuvaikutuksista, ja lääkkeen ottaminen ruoan kanssa saattaa estää tämän sivuvaikutuksen esiintymisen. Ihmisten, jotka käyttävät mitä tahansa määrättyä lääkettä, tulee kysyä lääkäriltä ennen tämän lääkkeen ottamista estääkseen vaarallisen yhteisvaikutuksen.
Jos fenyyliefriinihydrokloridin ottamisesta seuraa vakavia haittavaikutuksia, lääke on lopetettava välittömästi. Raskaana olevien tai imettävien naisten tulee myös kysyä lääkäriltään ennen minkäänlaisen dekongestantin ottamista, koska joitain ei ehkä pidetä turvallisina raskauden aikana ja turvallisia dekongestantteja on ehkä otettava eri annoksina kuin mitä merkinnät viittaavat. Hallusinaatiot, pyörtyminen ja pinnallinen hengitys ovat sivuvaikutuksia, joita esiintyy usein, kun ihmiset yliannostavat dekongestantteja.