Muuntogeenisten papaijojen hyvät ja huonot puolet ovat keskustelun aiheena. Kokonaisuutena geneettisesti muunnetut elintarvikkeet kestävät yleensä tiettyjä hyönteisiä ja muita tartuntoja. Haitat liittyvät ensisijaisesti siihen, että näitä elintarvikkeita ei ole osoitettu turvallisiksi pitkällä aikavälillä, joten jotkut ympäristöryhmät ja terveysjärjestöt uskovat, että muuntogeeniset elintarvikkeet voivat olla haitallisia ihmisten terveydelle, jos niitä käytetään suuria määriä.
Geneettisesti muunnetut papaijat kehitettiin kestämään papaijarengasta, joka voi olla tuhoisaa kasvin satoille. Ne on kehitetty, ja tätä kirjoitettaessa ne ovat saatavilla useissa maissa. On yhä enemmän kansakuntia, jotka eivät ole hyppääneet vaunun päälle, mutta alan virkamiehet yrittävät selvittää, mitä toimenpiteitä on tehtävä niiden saattamiseksi laajemmin saataville. Monet maat, joissa geneettisesti muunnettuja papaijoja myytiin ensimmäisen kerran, ovat teollistuneita, ja kehitysmaat ovat jäljessä.
Muuntogeenisten papaijojen ja muiden elintarvikkeiden tuotannosta ja jakelusta käydään vilkasta keskustelua. Toisaalta kyky kasvattaa enemmän satoa pelkäämättä, että virukset ja muut taudinaiheuttajat tuhoavat kasveja, tarkoittaa, että kokonaisuudessaan voidaan kasvattaa enemmän ruokaa. Enemmän kasvatettua ruokaa tarkoittaa sitä, että on vielä muutakin. Tämä on tärkeä osa keskustelua, koska maailman väestö kasvaa ja perinteiset viljelykasvit eivät välttämättä ole riittävän hedelmällisiä ruokkimaan kaikkia loputtomiin.
Pienessä mittakaavassa pienempi satotappio tarkoittaa, että viljelijät voivat ansaita enemmän rahaa perheidensä tukemiseen myymällä viljelykasveja. Tämä on erittäin tärkeää viljelijöille, joilla voi olla taloudellisia vaikeuksia laajojen sadonmenetysten vuoksi. Papaijan suhteen papaijarengasta voi olla erittäin tuhoisaa ja se voi tuhota koko sadon.
Ensisijainen haittapuoli geneettisesti muunnettujen papaijojen ja muiden muokattujen elintarvikkeiden käytössä on se, että niitä ei ole osoitettu turvallisiksi pitkällä aikavälillä. Jotkut terveysjärjestöt väittävät, että riskit ihmisten terveydelle ovat suuria ja että kaikki geneettisesti muutetut elintarvikkeet olisi kiellettävä supermarkettien hyllyiltä. Toiset väittävät, että ne ovat yhtä turvallisia ja terveellisiä kuin tavanomaisemmin kasvatetut kasvit. Todellisuutta ei ehkä tiedetä pitkään aikaan.