Glukosamiinisulfaatin sivuvaikutukset ovat tyypillisesti lieviä, vaikka kaikki kiusalliset oireet, jotka kehittyvät tämän lääkityksen ottamisen jälkeen, on ilmoitettava lääkärille lääketieteellistä arviointia varten. Jotkut yleisimmin ilmoitetuista sivuvaikutuksista ovat pahoinvointi, ripuli tai ummetus. Glukosamiinisulfaatin muita sivuvaikutuksia voivat olla päänsärky, huimaus tai ihoreaktiot. Niiden, jotka ovat allergisia äyriäisille tai joilla on diabetes, tulisi käyttää tätä lääkettä vain lääkärin suorassa valvonnassa. Kaikki kysymykset tai huolenaiheet glukosamiinisulfaatin mahdollisista sivuvaikutuksista on keskusteltava lääkärin tai muun lääketieteen ammattilaisen kanssa.
Ruoansulatuskanavan häiriöt ovat glukosamiinisulfaatin yleisimpiä sivuvaikutuksia. Tällaisia oireita voivat olla pahoinvointi, oksentelu tai ripuli. Joillakin potilailla saattaa esiintyä ummetusta tai vuorotellen ummetusta ja ripulia. Myös närästystä, ruokahaluttomuutta tai vatsakipua voi esiintyä. Jotkut näistä sivuvaikutuksista voidaan minimoida ottamalla lääkitys ruoan tai maidon kanssa.
Unettomuutta, päänsärkyä tai huimausta voi esiintyä glukosamiinisulfaatin käytön aikana. Tämä lääkitys voi lisätä verenvuotoriskiä, erityisesti niillä, joilla on verenvuotohäiriöitä. Jotkut lääkkeet tai kasviperäiset lisäravinteet voivat lisätä näitä riskejä, joten lääkärin tulee kuulla ennen käyttöä. Joillakin glukosamiinisulfaattia käyttävillä ihmisillä voi esiintyä ihoreaktioita, kuten ihottumaa, kutinaa tai polttavaa tunnetta. Vaikka nämä ihoreaktiot ovat yleensä lieviä, kaikista merkittävistä ihomuutoksista on ilmoitettava lääkärille mahdollisen allergisen reaktion sulkemiseksi pois.
Niiden, jotka ovat allergisia äyriäisille, tulisi käyttää tätä lääkettä vain lääkärin suorassa valvonnassa. Glukosamiinisulfaatti on valmistettu rapujen, hummerien tai katkarapujen kuoresta. Useimmat ihmiset, joilla on äyriäisallergia, reagoivat vain näiden olentojen lihaan, vaikka samankaltaisia reaktioita on raportoitu käytettäessä tätä lääkettä.
Jotkut glukosamiinisulfaatin sivuvaikutukset voivat sisältää verensokerin muutoksia tai astman oireita, kuten yskää, hengityksen vinkumista tai hengitysvaikeuksia. Diabeetikkojen on neuvoteltava lääkärin kanssa ennen tämän lääkkeen käyttöä, koska verikokeita voidaan suositella useammin. Astmaa tai muita hengityselinsairauksia sairastavia ei ehkä suositella ottamaan glukosamiinisulfaattia.
Harvinaisissa tapauksissa voi esiintyä vakava ja mahdollisesti hengenvaarallinen allerginen reaktio, joka tunnetaan anafylaksiana, kun käytetään glukosamiinisulfaattia. Allergisen reaktion oireita voivat olla kasvojen turvotus, hengitysvaikeudet ja rintakipu. Näitä oireita tulee käsitellä hätätilanteessa, koska kuolema voi tapahtua muutamassa minuutissa ilman välitöntä lääkärin apua.