Happihoidon sivuvaikutukset ovat harvinaisia ja harvinaisia, mutta niihin voi kuulua korvakipu, korvakupin repeämä ja poskionteloiden trauma. Korvakipu tai epämukavuus on yleisin sivuvaikutus, joka ilmenee, kun keho yrittää sopeutua hoitoon. Korvarummun repeämä on huomattavasti harvinaisempaa, mutta todennäköisimmin se tapahtuu kuuroille tai kuulovammaisille. Barotrauma nenän sivuonteloihin on erityisen harvinaista ja tapahtuu korvan rummun repeämisen kaltaisista syistä. Kaiken kaikkiaan happihoito on turvallinen hoito, jolla on minimaaliset sivuvaikutukset, jos henkilöllä ei ole terveydentilaa, joka voi pahentaa sitä, vaikka hoidon laitteet voivat olla vaarallisia.
Korvakipu on yksi happihoidon yleisimmistä sivuvaikutuksista. Kipu ilmenee, kun keho yrittää tasapainottaa korvien välistä painetta. Joissakin tapauksissa sisäkorva on fyysisesti vaurioitunut normaalin paineen vuoksi. Jotkut ihmiset kokevat lievää epämukavuutta eikä kipua, mutta epämukavuus on silti huomattava, koska se voi viitata komplikaatioon.
Kuurot ja huonokuuloiset kokevat todennäköisemmin tietyntyyppisiä korvaongelmia happihoidon sivuvaikutuksina. Esimerkiksi jotkut ihmiset kokevat korvarummun repeämisen. Korvarummun repeämät voivat johtaa kuulon heikkenemiseen ja parantua kuukaudessa. Joissakin tapauksissa, jos korvarumpu ei parane itsestään, lääkäri saattaa asettaa laastarin sen päälle avohoidossa.
Joskus henkilö kokee barotrauman poskionteloihinsa. Barotrauma on fyysinen haava, joka tapahtuu ihmisen kehossa ilmanpaineen eron vuoksi. Esimerkiksi jotkut vedenalaiset sukeltajat ovat vaarassa saada barotrauman, kun he sukeltelevat liian syvälle tai nousevat pintaan liian nopeasti. Vaikka barotrauma tietyistä aktiviteeteista, kuten sukelluksesta, voi joskus olla kohtalokas, tämä ei pidä paikkaansa happihoidon kanssa.
Jotkut terveydentilat voivat pahentua happihoidolla. Esimerkiksi sydänkohtauspotilaat ja astmasta kärsivät eivät ehkä reagoi positiivisesti hoitoon. Happihoitoa tutkitaan kuitenkin edelleen, ja se saattaa vaikuttaa moniin muihin sairauksiin, jotka voivat vaikuttaa siihen negatiivisesti.
Happihoitoon liittyy tulipalovaara, koska se vaatii keskittynyttä happea. Jos puristettu happi altistuu kipinöille, se voi räjähtää ja sytyttää ympäristön. Tämä vaara voidaan välttää, jos liipaisuselementit pidetään kaukana väkevästä hapesta. Happi ei räjähdä itsestään, ja sen haihtuvuutta voidaan hallita huolellisesti.