Mielenterveyden heikkenemiseen on monia mahdollisia syitä, mutta yleisimpiä ovat infektiot, jotka kehittyvät syntymättömälle lapselle tai pian syntymän jälkeen. Muissa tapauksissa kromosomipoikkeavuudet ovat syyllisiä. Perinnölliset häiriöt, traumaattiset vammat ja ravitsemukselliset puutteet voivat joskus johtaa myös henkiseen hidastumiseen. Pohjimmiltaan kaikki, mitä tapahtuu ennen ihmisen syntymää, pian syntymän jälkeen tai lapsuuden aikana ja joka muuttaa aivojen kehitystä, voi johtaa henkiseen hidastumiseen. On kuitenkin pidettävä mielessä, että monien hidastumisten syitä ei koskaan löydetä.
Infektiot, jotka vaikuttavat vauvaan, kun hän on vielä kohdussa, pian synnytyksen jälkeen tai lapsuudessa, voivat johtaa henkiseen hidastumiseen, jos ne vaikuttavat haitallisesti aivojen kehitykseen. Infektiot, jotka voivat aiheuttaa tai edistää kehitysvammaisuuden kehittymistä, ovat tuberkuloosi, keuhkosairaus; enkefaliitti, joka on aivojen tulehdus; vihurirokko, jota kutsutaan myös saksalaiseksi tuhkarokkoksi; ja loisten aiheuttama toksoplasmoosi. Muita infektioon liittyviä syitä ovat bakteerien aiheuttama listerioosi; aivokalvontulehdus, johon liittyy aivojen ja selkärangan tulehdus; ja sytomegalovirus, eräänlainen herpesvirus. Jopa ihmisen immuunikatovirus (HIV), virus, joka aiheuttaa hankittua immuunipuutosoireyhtymää (AIDS), voi aiheuttaa henkistä hidastumista.
Kromosomipoikkeavuudet ovat myös syitä mielenterveyden heikkenemiseen. Esimerkiksi ennen syntymää esiintyvät poikkeavuudet, kuten Downin oireyhtymä, voivat aiheuttaa henkistä hidastumista. Myös perinnölliset kromosomiongelmat, kuten epämuodostuma, jota kutsutaan hauraaksi X -oireyhtymäksi, voivat aiheuttaa sen. Lisäksi henkilö voi syntyä kehitysvammaiseksi, kun geeni sijaitsee väärässä paikassa kromosomissa.
Jotkut perinnölliset häiriöt ovat myös mahdollisia syitä henkiseen hidastumiseen. Esimerkiksi henkilö voi olla kehitysvammainen Hunterin oireyhtymän, häiriön, jossa sokerimolekyylejä kertyy liikaa, tai Hurlerin oireyhtymän, harvinaisen sairauden, johon liittyy sokerin aineenvaihdunta, seurauksena. Rettin oireyhtymä ja Tay-Sachsin tauti, joihin molempiin liittyy hermosto, voivat myös johtaa henkiseen hidastumiseen. Fenyyliketonuria (PKU), jolle on ominaista kyvyttömyys hajottaa fenyylialaniinia, on myös yksi henkisen hidastumisen syistä.
Mielenterveysongelmiin on myös ravitsemuksellisia syitä. Jos lapsi on esimerkiksi aliravittu, hän voi kärsiä todennäköisemmin kehitysvammaisuudesta. Aliravitsemus voi johtua ruokavaliosta, joka ei sisällä hyvää ravintoaineiden tasapainoa, ravinteiden imeytymisongelmista, ruoan puutteesta ja tietyistä hoitamattomista sairauksista.
Traumaattiset vammat aiheuttavat joskus myös henkistä hidastumista. Aivovamma syntymän aikana voi aiheuttaa sen, samoin kuin vakavat päävammat lapsuuden aikana. Hapen puute aivoihin voi myös aiheuttaa sen. Lisäksi aivoverenvuoto, joka esiintyy ennen syntymää tai sen jälkeen, voi johtaa henkiseen hidastumiseen.