Tärkein ammattilainen antibioottien ottamisessa hammassärkyyn on hampaiden kasviston poistaminen hampaista ja niiden ympäriltä. Tämä vähentää huomattavasti potilaan tuntemaa epämukavuutta ja ehkäisee monia mahdollisia lääketieteellisiä ongelmia. Monissa tapauksissa se on kustannustehokkain tapa hammassärkyhoitoon. Haittoja antibioottien käytöstä hammassärkyyn ovat mahdolliset allergiset reaktiot, verenvuoto ja päänsärky. Harvoissa tapauksissa potilaat raportoivat, että heillä on näköongelmia, oksentelua ja lisääntynyttä kipua.
Monet hammaslääkärit määräävät antibiootteja hammassärkyyn, jos kipu johtuu bakteeri -infektiosta. Infektio, jos sitä ei valvota, voi levitä muille kehon alueille, mukaan lukien aivot. Jos näin tapahtuu, potilaalla on suuri riski saada paljon vakavampi sairaus. Antibiootit voivat kokonaan poistaa haitallisten bakteerien läsnäolon hampaissa ja ikenissä. Tämä voi johtaa pysyvään helpotukseen muutamassa päivässä.
Helpotuksen lisäksi antibiootit ovat usein halvempi vaihtoehto hammaskirurgialle. Potilaat voivat välttää tartunnan saaneiden hampaiden poistamisen, jos antibioottihoito on todettu toimivaksi vaihtoehdoksi. Hoitoa pidetään myös kätevämpänä vaihtoehtona kuin leikkausta, koska se vaatii paljon vähemmän aikaa.
Kuten kaikilla lääkkeillä, antibioottien ottamisella hammassärkyyn on kuitenkin haittoja. Lääkärit kysyvät usein potilaalta kaikista olemassa olevista sairauksista tai muista lääkkeistä, joita potilas saattaa ottaa ennen lääkemääräyksen kirjoittamista. Antibiooteilla voi olla haitallisia vuorovaikutuksia muiden lääkkeiden kanssa, aiheuttaen enemmän vahinkoa potilaalle kuin hyötyä. Jotkut olosuhteet pahenevat antibiooteilla, koska lääkitys voi poistaa hyvät bakteerit, jotka estävät vakavampia ongelmia; esimerkiksi hiiva -infektio pahenee tiettyjen lääkkeiden käytön yhteydessä. Yleensä raskaana olevia naisia kehotetaan välttämään antibiootteja, koska lääkitys voi vahingoittaa kehittyvää sikiötä.
Antibioottien kielteiset sivuvaikutukset voivat vaihdella eri lääkkeiden välillä. Esimerkiksi amoksisilliinin on tiedetty aiheuttavan ripulia potilailla. Penisilliini puolestaan voi aiheuttaa pahoinvointia ja mustan pinnoitteen muodostumista kielelle. Allergiset reaktiot antibiooteille voivat aiheuttaa ikenien turvotusta, mikä puolestaan lisää tartunnan saaneeseen hampaaseen kohdistuvaa painetta ja aiheuttaa potilaalle huomattavasti enemmän epämukavuutta. Suuret annokset vahvoja antibiootteja voivat myös aiheuttaa maksan tai munuaisten vaurioita pitkällä aikavälillä.