Imetyksellä on erilaisia sivuvaikutuksia, sekä hyviä että huonoja. Vaikka negatiiviset sivuvaikutukset voidaan usein hoitaa, ne voivat vaikeuttaa joidenkin naisten hoitoa pitkään. Yksi yleisimmistä valituksista on lisääntynyt nälkä, koska keho tarvitsee enemmän kaloreita imetyksen aikana. Kuivat, säröillä olevat nännit voivat myös olla ongelma. Imetyksellä on tietysti joitakin myönteisiä vaikutuksia, joihin liittyy lähinnä kehon estrogeenipitoisuuden aleneminen, mikä voi johtaa kuukautisten viivästymiseen ja tiettyjen syöpien riskin pienenemiseen.
Yksi yleisimmin mainituista imetyksen sivuvaikutuksista on näennäinen nälkä. Tämä johtuu siitä, että keho polttaa 500-800 kaloria päivässä vain imetyksen aikana, jolloin imettävät äidit tarvitsevat vähintään 500 kaloria enemmän joka päivä kuin raskauden aikana. Ne, jotka jättävät sen tekemättä, voivat olla erityisen nälkäisiä, ja myös maidon tarjonta alkaa todennäköisesti laskea. Tietenkin tämän sivuvaikutuksen poistaminen on tyypillisesti helppoa, koska se vaatii vain vähintään yhden pienen aterian lisäämistä ruokavalioon. Myös muutaman terveellisen välipalan lisääminen ylimääräisen aterian sijaan voi tehdä työn.
Monet imettävät äidit kokevat kuivia, halkeilevia nännejä etenkin ensimmäisten viikkojen aikana. Tämä voi tehdä imetyksestä tuskallisen kokemuksen, jopa aiheuttaa joidenkin äitien lopettaa kokonaan. Naisia, joilla on tämä ongelma, suositellaan yleensä käyttämään imetysvoidetta, jota voidaan käyttää milloin tahansa, jopa juuri ennen imetystä, koska sitä pidetään turvallisena myös vauvalle. Jos toinen nänni on huonompi kuin toinen, saattaa olla hyvä imettää enemmän toisella puolella, kun mahdollista, jotta nänni saa mahdollisuuden parantua. Vaikka tämä on yksi imetyksen tuskallisimmista sivuvaikutuksista, sitä pidetään myös hoidettavimpana.
Jotkut imetyksen sivuvaikutukset ovat itse asiassa positiivisia ja rohkaisevat naisia imettämään mahdollisimman pitkään. Esimerkiksi estrogeeni vähenee tyypillisesti suuresti tänä aikana, mikä yleensä johtaa kuukautisten viivästymiseen. Tämä ei tietenkään tapahdu jokaiselle naiselle, eikä se aina tarkoita sitä, että ovulaatio on pysähtynyt, joten ehkäisyä suositellaan usein myös kuukautisten puuttuessa. Tähän liittyvä hyöty on rinta- ja munasarjasyövän riskin pieneneminen, mikä johtuu estrogeenin laskusta. Siksi mitä kauemmin nainen imettää, sitä pienempi on hänen riskinsä tällaisille syöpille.