Isoflavoneilla sanotaan olevan erilaisia etuja, mutta niillä on myös joitain sivuvaikutuksia, jotka voivat olla kiusallisia ja jopa vaarallisia niille, jotka käyttävät tätä ainetta. Jotkut isoflavonien sivuvaikutukset vaikuttavat enimmäkseen naisiin, koska raskaana olevat naiset ja rintasyöpää vastaan taistelleet naiset ovat yleensä eniten alttiita kielteisille vaikutuksille. Kuumat aallot ja painonnousu voivat kuitenkin vaikuttaa kaikkiin naisiin, kun he käyttävät isoflavoneja. Miehet voivat sen sijaan huomata heikentyneen libidon, hedelmättömyyden ja muistin heikkenemisen isoflavonivalmisteiden käytön aikana. Muut isoflavonien sivuvaikutukset voivat vaikuttaa sekä naisiin että miehiin, ja ripuli, ruoka -allergiat ja päänsärky ovat yleisimpiä ongelmia.
Jotkut haittavaikutukset ovat naisille ominaisia, koska isoflavonit voivat vaikuttaa naisen kehon hormonaaliseen tasapainoon ja johtaa joihinkin kielteisiin seurauksiin. Esimerkiksi niitä, joilla on aiemmin ollut rintasyöpä, ei yleensä suositella ottamaan isoflavoneja, koska ne voivat stimuloida jo olemassa olevia rintasyöpäsoluja. Isoflavonien sanotaan myös häiritsevän rintasyövän hoitoon käytettäviä lääkkeitä, mutta naisia, joilla ei ole aiemmin ollut tämäntyyppistä syöpää, pidetään yleensä turvallisina tästä mahdollisesta sivuvaikutuksesta. Toinen huolenaihe on se, että isoflavonit voivat olla haitallisia syntymättömille vauvoille, jotka tarvitsevat tietyn hormonitasapainon kehittyäkseen kohdussa oikein, joten raskaana olevia naisia suositellaan yleensä ohittamaan tämäntyyppinen lisä. Jokainen nainen on altis painonnousulle ja kuumille aalloille, joita isoflavonit voivat aiheuttaa, joten naaraita kehotetaan varmistamaan, että mahdolliset hyödyt ovat suurempia kuin mahdolliset sivuvaikutukset.
Miehillä voi myös esiintyä isoflavonien sivuvaikutuksia, joita naiset eivät ehkä saa, koska näillä kahdella on yleensä erilainen hormonaalinen tasapaino. Yksi suurimmista sivuvaikutuksista miehillä on heikentynyt libido, koska lisääntynyt estrogeeni voi johtaa testosteronitasojen laskuun, mikä voi myös johtaa hedelmättömyyteen. Muita sivuvaikutuksia miehille voivat olla väsymys, muistin menetys ja heikentynyt kognitiivinen toiminta. Monet tutkimukset osoittavat, että naisilla ei ole näitä isoflavonien sivuvaikutuksia, joten miesten tulisi pitää tämä mielessä ennen tämän aineen ottamista naisten suotuisten arvioiden perusteella.
Jotkut isoflavonien sivuvaikutukset vaikuttavat sekä miehiin että naisiin. Jotkut ihmiset tulevat ummetukseen soijaisoflavonien käytön aikana, kun taas toisilla voi olla ripulia ja vatsavaivoja. Päänsärky ja huimauksen tunne ovat myös joitakin isoflavonien kielteisiä vaikutuksia. On myös mahdollista, että tämä aine aiheuttaa munuaiskiviä, ruoka -allergioita ja kilpirauhasongelmia, joten ihmisiä, jotka päättävät ottaa isoflavoneja, kehotetaan pitämään silmällä näitä sivuvaikutuksia.