Japanilainen mytologia pyörii pääasiassa shinto -uskonnon ympärillä ja sisältää tuhansia jumalia, jumalattaria ja henkiä. Itse asiassa shinto -uskomusten mukaan jokaisella luonnon esineellä pienimmästä kalliosta suurimpaan puuhun on oma henkensä; tämä voi tehdä uskomusjärjestelmän pääelementtien ymmärtämisestä hieman ylivoimaista maallikolle. Huolimatta valtavasta jumalien määrästä japanilaisessa mytologiassa, muutamilla ydinjumaloilla on kuitenkin suuri rooli, mukaan lukien Amaterasu, Hachiman ja Susano.
Shinto -uskonnossa jumaluuksia kutsutaan “kamiksi”. Termi on kuitenkin enemmän kuin vain jumalien nimi, se edustaa myös sitä elämänvoimaa, jonka sanotaan kulkevan jokaisen maailman olennon ja luonnonkappaleen läpi. Kuoleman jälkeen ihmishenget muuttuvat kamiksi, ja tämän kunnioittamiseksi vaikutusvaltaisimmat kansalaiset haudataan usein johonkin lukuisista kaikkialla Japanissa olevista pyhäkköistä, jotta uskollisten antaumukset voivat saavuttaa heidät.
Susano, myrskyjen kami, on vääjäämättä sidoksissa Japanin ympäristöön. Japani on veden ympäröimä, ja joskus vesi voi olla erityisen karkeaa ja antaa tilaa voimakkaille taifuuneille ja massiivisille tsunameille. Japani osana Tyynenmeren tulirengasta, termiä käytetään kuvaamaan maanjäristyksille ja tulivuorenpurkauksille alttiita alueita. Susanon uskotaan välittävän vähän maapallosta ja sen ihmisistä.
Amaterasu on auringon ja hedelmällisyyden kami japanilaisessa mytologiassa ja yksi tärkeimmistä kamista. Hänellä on suuri rooli valon luomisessa, joka sallii riisipeltojen, joka on yksi Japanin pääkasveista, kasvaa joka kausi. Hänen pojanpojansa, Ninigi no Mikoto, sanotaan olevan Japanin ensimmäisen jumalallisen keisarin Jimmu Tennon isoisä. Vaikka keisari ei enää hallitse Japania, kuninkaallisen perheen symbolinen rooli on edelleen kansalle merkittävä.
Hachiman on ensisijaisesti sodan ja sotureiden kami, mutta häntä palvovat myös kalastus- ja maatalousalalla työskentelevät. Samurai, joukko korkeasti koulutettuja ja kiivaasti uskollisia japanilaisia sotureita, etsii suojaa Hachimanilta. Hän on yksi Japanin suosituimmista jumaluuksista, ja hänelle on omistettu tuhansia pyhäkköjä ympäri maata.
Japanilaisessa mytologiassa on myös lukuisia tarinoita pahoista hengeistä, ja suurin osa maassa suoritettavista rituaaleista on suunniteltu estämään nämä henget aiheuttamasta vahinkoa. Yksi suosittu rituaali tapahtuu ennen uudenvuodenpäivää, kun japanilaiset siivoavat kotinsa ja pyyhkäisevät luudat pois pahat henget. Cedar-lehtiä voidaan myös sijoittaa japanilaisen kodin sisäänkäynnin yläpuolelle pitämään poissa Amazake-babaa, ikääntynyt nainen, joka tuo taudin kaikille ovelle vastaaville, kun hän koputtaa.