Japanilaisen puutarhasuunnittelun peruselementit perustuvat perinteiseen japanilaiseen tyyliin, joka tulee buddhalaisen ja shintolaisen filosofian taiteellisesta ilmaisusta. Näiden puutarhojen päätehtävänä on tarjota rauhallinen ympäristö, ja tulos usein vääristää monien mallien monimutkaisuuden. Jokainen esine on sijoitettu syystä. Japanilaisen puutarhan perussuunnittelu sisältää kolme pääperiaatetta, tunnusomaisia elementtejä ja perustyylisiä malleja.
Japanilaisen puutarhan suunnittelussa on kolme pääperiaatetta. Ensimmäinen on se, että puutarhan on tarkoitus olla täydellinen, pienikokoinen maisema. Kaikkien puutarhan elementtien tulee liittyä toisiinsa ja luoda kokonaisuus, jota voidaan tarkastella ihanteellisesti eri suunnista.
Toinen periaate on sisällyttää puutarha nykyiseen maisemaan ja kasveihin eikä päinvastoin. Kolmanneksi symbolismi on erittäin tärkeää, ja jokaisella elementillä on merkitys. Esimerkiksi hiekkaa käytetään usein symboloimaan vettä.
Siellä on myös japanilaiselle puutarhasuunnittelulle ominaisia elementtejä. Näitä ovat vesi, olipa lampi, puro tai täytetty allas, silta tai askelmat ja kasvit. Muita elementtejä ovat kivistä, kivistä ja hiekasta tehdyt järjestelyt. Lyhdyt, teehuoneet tai paviljongit ovat myös yleisiä suunnitteluominaisuuksia. Lopuksi kaikki puutarhat on suljettu muureilla, suojauksilla tai aidoilla.
Tähän puutarhatyyliin käytetään useita perusmalleja. Yksi japanilaisen puutarhan perusmuotoilu on Karesansui eli vedetön puutarha. Sen sijaan, että se sisältäisi vesistön, sitä symboloi hiekka, joka usein kammataan virtaaviin kuvioihin. Muita esineitä käytetään myös symbolisesti, kuten saaria tai vuoria edustavia kiviä. Tämän tyyppisessä puutarhassa käytettävät kasvit koostuvat yleensä pienistä pensaista, pienoiskoosta ja sammalista.
Cha Niwan tai teepuutarhan suunnittelu sisältää yleensä lyhtyjä, vesialtaita ja teehuoneen tai paviljongin. Yleensä puutarhan sisäänkäynnistä paviljonkiin johtaa portaikko, ja puutarha itse asiassa toimii usein tätä reittiä ympäröivänä taustana. Vaikka vesialtaat ovat itsessään koristeellisia, niitä käytettiin perinteisesti vieraiden pesemään käsiään ennen teehuoneeseen tuloaan.
Japanilainen Tsukiyama -puutarhasuunnittelu sisältää usein suurimman osan näissä perinteisissä puutarhoissa olevista elementeistä, ja siinä on keinotekoisia kukkuloita, joista se on saanut nimensä. Näiden puutarhojen tarkoituksena on luoda pieniä versioita kuuluisista maisemista. Nämä puutarhat voidaan suunnitella katsottavaksi vain yhdestä näkökulmasta, kuten paviljongista, tai ne voivat olla riittävän suuria kävelemään.
Tsubo Nwa -puutarhat on suunniteltu pieniin tiloihin, kuten terasseille tai pihoille. Ne ovat koostumukseltaan samanlaisia kuin Cha Niwa -puutarhasuunnittelu ja antavat vaikutelman suuremmasta tilasta. Usein tämä saavutetaan käyttämällä älykkäästi esineitä, kuten pieniä puita, kiinnittämään katse pois rakennuksista ja kaukaisiin kohteisiin, kuten vuoreen. Kaiyu-shiki eli kiertelevä puutarha yhdistää erilaisia peruselementtejä ja niiden suunnittelun tarkoituksena on antaa vieraiden kävellä läpi ja saada täysin harmoniset näkymät mistä suunnasta tahansa.