Japanin suurimmat saaret ovat Honshū, Shikoku, Hokkaidō ja Kyūshū, joiden yhteenlaskettu osuus on 97% Japanin maa -alasta. Kaiken kaikkiaan Japanissa on yli 3,000 saarta. Japanin saaret ovat olleet miehitettyjä erittäin pitkään, ainakin 35,000 127 eaa. Viimeisen jääkauden aikana Japani olisi ollut suhteellisen leuto, säästynyt valtavilta jäätiköiltä, jotka peittivät suurimman osan Euroopasta ja Aasiasta tuolloin. Nykyään Japanin saarilla on noin 10 miljoonaa matkustajaa, mikä tekee tästä maasta maailman kymmenen väkirikkaimman. Japanilla on maailman kolmanneksi suurin talous, vain Yhdysvaltojen ja Kiinan jälkeen.
Honshū, maan suurin saari, muodostaa 61% maan massasta, ja se sijaitsee Japanin keskustassa, pohjoisen Hokkaidon saaren ja etelässä sijaitsevien Kyūshun ja Shikokun saarten välissä. Suurempi kuin Ison -Britannian saari, Honshū on 1,300 km pitkä ja vaihtelee 800-50 km leveäksi. Honshū on vuoristoinen ja tuliperäinen saari, jonka asukasluku on lähes 230 miljoonaa, joten se on yksi maailman väkirikkaimmista saarista. Suurin osa saaren väestöstä löytyy käytettävissä olevista alangoista, erityisesti Kantōn tasangon alueelta. Saarella on monia Japanin tunnetuimpia kaupunkeja, kuten Tokio, Yokohama, Osaka, Kioto, Kobe ja Hiroshima.
Kaksi Japanin pääsaarta Honshun eteläpuolella ovat Kyūshū ja Shikoku, jotka muodostavat 9% ja 5% Japanin kokonaispinta -alasta. Kyūshū, joka sijaitsee länteen, on 13 miljoonan asukkaan, kun taas Shikokun asukasluku on 4 miljoonaa, mikä tekee siitä vähiten asutuin Japanin saarista. Kuten Honshū, molemmat saaret ovat erittäin vuoristoisia. Kyūshū tunnetaan Japanin aktiivisimmasta tulivuorista, Assosta (1,592 m tai 5,223 jalkaa), kun taas Shikoku tunnetaan kauniista temppeleistään. Kyūshun tärkeimmät kaupungit ovat Nagasaki ja Kagoshima. Shikokun suurin kaupunki on Matsuyama, jossa on puoli miljoonaa asukasta.
Japanin ensisijaisten saarten finaali on Hokkaidō, joka muodostaa 22% Japanin maa -alasta. Hokkaidō on Japanin toiseksi suurin saari ja maaseutuisimpia, sillä sen asukasluku on vain 68 ihmistä neliökilometrillä, toisin kuin Honshuin asukastiheys on 430 ihmistä neliökilometriä kohti. Hokkaidōn luonnollinen ympäristö tekee siitä suositun lomakohteen japanilaisten keskuudessa. Hokkaidōn pääkaupunki on Sapporo, joka tunnetaan ympäri maailmaa Sapporo -oluen kotina ja vuoden 1972 talviolympialaisten isäntäkaupunkina. Kuten kaikki muutkin Japanin saaret, suurin osa saaresta on vuoristoista, ja suurin osa väestöstä löytyy lounais -alankoalueilta.