Aikuisen ihmisen kehossa on keskimäärin 1013 solua, noin 1600 kertaa enemmän kuin maapallolla. On arvioitu, että jokaisessa ihmiskehon solussa on noin kymmenen mikro -organismia, pääasiassa paksusuolen bakteereja. Tämä on mahdollista, koska tyypillisen bakteerisolun tilavuus voi olla yli 1000 kertaa pienempi kuin yksi kehon soluista.
Bakteerien kehon kasviston ohella kaikki ovat myös siirtokuntia sienillä (pääasiassa hiivat), protisteilla ja arkeoilla (pääasiassa metanogeeneilla), vaikka niistä tiedetään vähemmän, koska niillä on vähän bakteereja. Makroskooppisen kehon kasviston alueella, kun ne löytyvät kehon sisältä, ne ovat yleensä haitallisia loisia, kuten lapamatoja. Joillakin ihmisillä voi kuitenkin olla tuhansia makroskooppista kehon kasvistoa ihossaan tai hiuksissaan, usein punkkien muodossa. Tutkijat uskovat, että maailmassa voi olla jopa miljoona punkkilajia, jotka on mukautettu kaikkiin kuviteltavissa oleviin ympäristöihin – myös ihmiskehoon.
99% suoliston bakteereista tulee 30-40 lajista. Yleisesti havaittuihin sukuihin kuuluvat Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus ja Bifidobacterium. Bakteereilla on yleensä symbioottinen suhde isäntäänsä. Bakteerit auttavat sulattamaan monimutkaisia hiilihydraatteja, jotka eivät muuten olisi sulamattomia, edistävät suoliston solujen kasvua, tukahduttavat patogeenisiä mikrobeja, estävät allergioita, tulehduksellisia suolistosairauksia ja ovat ratkaisevassa asemassa immuunijärjestelmässä. Kehon kasvisto ja sen miehitys ovat kehittyneet yhdessä kymmeniä miljoonia vuosia.
Noin 60% ulosteen massasta koostuu bakteereista. Jotkut ulosteesta löydetyt bakteerit voivat olla patogeenisia ihmiselle, josta se on peräisin, ja ympäröiville ihmisille. Tämä on osa nykyaikaisen hygienian syytä. Ulosteiden kautta leviäviä bakteereja ovat E. coli ja koleraa aiheuttava bakteeri Vibrio cholerae.