Monien kansalaisjärjestöjen päätavoite on hyvinvointityö köyhyyden ja sairauksien tai sosiaalisten ryhmien, kuten vanhusten tai lasten, suhteen. Jotkut muut kansalaisjärjestöt auttavat ihmisryhmiä yhdentymään ruohonjuuritason tasolla ja löytämään äänensä paikallis- ja valtiollisessa hallinnossa. Ryhmillä, joita kansalaisjärjestöt pyrkivät auttamaan, voi olla taloudellinen painopiste, kuten tuottajaryhmissä, tai ne voivat syrjäytyä muista syistä, kuten naisten tai etnisten ryhmien kanssa. Jotkin kansalaisjärjestöt pyrkivät auttamaan pienyrityksiä tietyillä maantieteellisillä alueilla ja voivat keskittyä tiettyihin toimintoihin, kuten koulutukseen tai mikrorahoitukseen. Kansalaisjärjestöt perustetaan myös auttamaan tieteellistä tutkimusta esimerkiksi parantuneilla maatalousmenetelmillä tai tiettyjen tartuntatautien poistamisella.
Valtiosta riippumattomien järjestöjen tavoitteisiin voi kuulua tuottajaryhmien auttaminen kokoontuessaan painostusryhmiksi ja löytämään tapoja vaikuttaa politiikkaan heitä koskevissa asioissa. Kansalaisjärjestö voi saada nämä ryhmät tietoisiksi oikeuksistaan ja kouluttaa heitä tavoista vaatia suurempaa poliittista osallistumista. Esimerkki on reilun kaupan kysymyksiin osallistuvien kansalaisjärjestöjen työ. Ne voivat auttaa tuottajaryhmiä neuvottelemaan paremmista ehdoista tuotteidensa myymiseksi ja voivat kampanjoida kansainvälisellä tasolla oikeudenmukaisemman maailmankaupan puolesta.
Naisten voimaannuttamiseen liittyvien kansalaisjärjestöjen tavoitteisiin voi sisältyä poliittista tai taloudellista toimintaa. Tällainen kansalaisjärjestö voisi olla kiinnostunut naisten koulutukseen ja terveyteen liittyvistä kysymyksistä ja auttaisi naisryhmiä käyttämään yhteisiä voimiaan puolustaakseen oikeuksiaan poliittisella areenalla. Jotkut kansalaisjärjestöt ovat myös huolissaan naisten auttamisesta liiketoiminnassa.
Jotkin kansalaisjärjestöjen tavoitteet sisältävät pienyritysten auttamisen saamaan luottoa ja löytämään tuotteilleen markkinoita. Nämä kansalaisjärjestöt voivat esimerkiksi tarjota mikrorahoitusta, mukaan lukien lainat pienyrityksille sekä säästö- ja vakuutustuotteet pienituloisille kotitalouksille. Tällaiset kansalaisjärjestöt voivat tukea taloudellista kehitystä auttamalla kotitalouksia käyttämään ansaitsemansa rahat varojen keräämiseen ja vakuutumaan epäsuotuisilta tilanteilta.
Muita kansalaisjärjestöjen tavoitteita ovat asianmukaisen teknologian käytön edistäminen ja uuden teknologian tutkimuksen ja kehittämisen tukeminen. Tämäntyyppinen kansalaisjärjestö voi keskittyä maatalouden ongelmiin, kuten viljelysairauksiin tai haitallisiin hyönteisiin. Kansalaisjärjestöt voivat myös tutkia parannettuja maatalouslaitteita, jotka sopivat alueen erityisiin maatalousolosuhteisiin.
Muunlaiset kansalaisjärjestöt voivat auttaa tutkimaan sairauksia ja etsimään kohtuuhintaisia parannuskeinoja vakaville sairauksille. Näitä voivat olla kansalaisjärjestöt, jotka ovat pääasiassa lasten hyvinvoinnista kiinnostuneita ja haluavat estää lapsia joutumasta ennaltaehkäisevien sairauksien uhreiksi. Nämä kansalaisjärjestöt voivat myös auttaa halvempien rokotteiden tutkimuksessa ja varmistaa lasten rokotuksen.