Katetroinnin komplikaatiot riippuvat kehon alueesta, johon katetri on sijoitettu, ja siitä, onko katetri paikallaan lyhyen tai pitkän ajan. Luettelo katetroinnin yleisistä komplikaatioista sisältää infektion, kudosvamman, tukoksen, verisuonivauriot, verenmyrkytyksen ja allergiat. Infektio on yleinen komplikaatio sisäisesti sijoitetuille katetreille.
Virtsatiekatetrit joko työnnetään virtsaputkeen tai sijoitetaan ulkoisesti peniksen ympärille virtsarakon tyhjentämiseksi. Sisäisesti sijoitetuissa katetreissa katetroinnin yleisimmät komplikaatiot ovat virtsatieinfektiot, tukos ja kudosvammat. Tukos johtuu mikro -organismien tuottamista mineraalisuoloista, jotka ovat vuorovaikutuksessa virtsan kanssa, ja voi aiheuttaa epämukavuutta. Sisällä olevat katetrit voivat myös aiheuttaa verenmyrkytystä, munuaisinfektioita ja munuaisvaurioita, vaikka nämä sivuvaikutukset ovat harvinaisempia. Peniksen ympärillä olevien katetrien lateksi voi aiheuttaa allergisia reaktioita joillekin potilaille.
Katetrit asetetaan myös laskimojärjestelmään ravitsevien nesteiden ja lääkkeiden kuljettamiseksi. Katetrit voidaan asettaa perifeeriseen laskimojärjestelmään, kuten käteen, suonensisäisten nesteiden tai lääkkeiden siirtämiseksi. Katetri voi olla myös keskuslaskimokatetri, joka sijoitetaan suureen suoneen lähellä tai sydämessä. Yleisimpiä keskuslaskimotukoksen komplikaatioita ovat infektio, verihyytymän muodostuminen ja putken tukos. Perifeeriset laskimokatetrit kärsivät samoista ongelmista kuin keskuslaskimokatetrit, mutta aiheuttavat todennäköisemmin laskimotulehdusta eli laskimotulehdusta kuin keskuslaskimokatetrit.
Katetrit voidaan myös pujottaa verisuonten kautta sydämeen. Tässä tapauksessa lääkäri voi aiheuttaa kipua ja verenvuotoa putken asettamisen aikana. Vaikka kipu voi olla yhtä kevyttä kuin tavallinen epämukavuus, se voi myös johtua vahingossa tapahtuneesta verisuonivauriosta – vaurio, joka voi olla yhtä laaja kuin suonessa olevat reiät, kun lääkäri ohjaa katetria sydämeen. Potilas voi myös olla allerginen sydämen katetrointimenettelyssä käytetylle väriaineelle.
Vauvalle voidaan asettaa napanuorakatetri, jos hän tarvitsee jatkuvasti ravitsevia nesteitä, lääkkeitä tai jos lääkärin on otettava säännöllisesti verinäytteitä. Infektio on yksi yleisimmistä katetroinnin komplikaatioista tällaisissa tilanteissa. Napanuorakatetri voi myös rajoittaa verenkiertoa vauvan raajoihin tai elimiin. Putkeen voi myös muodostua verihyytymä, joka voi olla hengenvaarallinen.