Keltakuume -injektioilla on samanlaisia sivuvaikutuksia kuin muilla rokotteilla. Useimmat ihmiset, joilla on sivuvaikutuksia, kokevat vain lievää epämukavuutta: laukauskohta voi muuttua kipeäksi, mustelmiksi ja turvotukseksi; voi myös esiintyä lievää kuumetta, johon liittyy kipua ja vilunväristyksiä. Harvat ihmiset, joilla on vakavia oireita, voivat kokea hengitysvaikeuksia, käyttäytymismuutoksia, kohtauksia, korkeaa kuumetta, epäsäännöllistä sydämenlyöntiä, nokkosihottumaa ja muita oireita, jotka tarvitsevat välitöntä lääketieteellistä hoitoa. Keltakuume -injektioiden sivuvaikutukset ilmenevät yleensä ensimmäisen tunnin kuluessa laukauksen antamisesta, mutta ne voivat kehittyä myös 30 päivän kuluessa injektiosta.
Lääkärit tarkkailevat tarkemmin sivuvaikutuksia ihmisillä, jotka eivät ole koskaan saaneet keltakuumetta. Ilman rokotushistoriaa on mahdotonta tietää, miten henkilö reagoi. Ne, jotka ovat saaneet injektion ja eivät kokeneet mitään sivuvaikutuksia, ovat erittäin epätodennäköisiä kehittävänsä sivuvaikutuksia toistuvilla laukauksilla.
Monet ihmiset kokevat vain lieviä vaikutuksia keltakuumeen ottamisen jälkeen, kuten kipua tai jäykkyyttä pistoskohdassa. Lievästi kipeä henkilö voi myös kokea punoitusta, mustelmia ja ehkä turvotusta pistoskohdassa. Lievää ja lyhytaikaista kuumetta voi myös esiintyä. Tällaisten oireiden vuoksi lääkitys ei usein ole tarpeen; oireiden pitäisi selvitä ajan kanssa. Halutessaan he voivat ottaa lääkkeitä, jotka lievittävät kuumetta ja arkuutta.
Niiden, joilla on vakavia oireita, tulee hakeutua välittömästi lääkärin hoitoon. Keltakuume -injektioiden vakavat sivuvaikutukset johtuvat yleensä allergisista reaktioista ja voivat olla tappavia. Tyypillisesti ne, jotka kärsivät tällaisista reaktioista, ovat allergisia kanoille, munille tai gelatiinille – kaikki rokotteiden yleiset ainesosat.
Niitä, joilla on tällainen allergia, kehotetaan välttämään matkustamista Afrikan ja Etelä -Amerikan osiin, joissa keltakuume on yleinen. Jos kananmunalle tai kanalle allerginen henkilö joutuu matkustamaan tällaisille alueille, lääkäri voi silti suositella keltakuumerokotetta, jos viruksen tartunnan uskotaan olevan hengenvaarallisempi kuin laukauksen aiheuttama allerginen reaktio. Lääkärit voivat antaa rokotuksen pienemmissä annoksissa toivossa lievemmän allergisen reaktion aiheuttamiseksi.
Tietyt väestötiedot kärsivät todennäköisemmin vakavista sivuvaikutuksista keltakuume -injektioihin kuin toiset. Kuten mainittiin, siipikarjan allergiat ovat vaarassa. Raskaana olevia naisia kehotetaan myös olemaan ottamatta rokotetta, koska se voi vahingoittaa syntymättömiä lapsia. Niitä, joilla on heikko immuunijärjestelmä ja jotka ovat kokeneet elinten vajaatoiminnan vakavan sairauden seurauksena, voidaan myös neuvoa injektiota vastaan. Alle yhdeksän kuukauden ikäisiä ja erityisesti alle kuuden kuukauden ikäisiä lapsia pidetään erityisen alttiina negatiivisille sivuvaikutuksille.