Koirille tarkoitettua klomipramiinia käytetään yleisesti eron ahdistuksen, pakko-oireisen käyttäytymisen ja muiden koiran ahdistuneisuushäiriöiden hoitoon. Koirien erotteluhäiriö voi aiheuttaa koiralle tuhoisaa käyttäytymistä, haukkua jatkuvasti ja ulvoa. Eläinlääkärit määräävät usein klomipramiinia koirille, kun muut hoitomenetelmät epäonnistuvat. Näitä muita menetelmiä ovat käyttäytymismuutoskoulutus ja koiran harjoittelu liiallisen ahdistuksen lievittämiseksi.
Kun klomipramiinia koirille määrätään ahdistukseen, sen sanotaan kohottavan heidän mielialansa. Tämä lääkitys on luokiteltu trisykliseksi masennuslääkkeeksi, jonka uskotaan toimivan lisäämällä serotoniinitasoja aivoissa. Serotoniinista käytetään hyvän olon kemikaalia, ja koirat sekä ihmiset, joilla on alhainen serotoniinipitoisuus, voivat olla alttiita masennukselle ja ahdistukselle.
Vaikka klomipramiini koirille on edelleen tehokas hoito ahdistuneisuushäiriöihin, voi esiintyä merkittäviä sivuvaikutuksia. Näitä haittavaikutuksia voivat olla voimakas sedaatio, oksentelu ja ruokahaluttomuus. Lisäksi, vaikkakin harvinaista, voi esiintyä myös maksaentsyymiarvojen kohoamista. Monet eläinlääkärit määräävät klomipramiinia koirille itsenäisenä hoitona, mutta monet suosittelevat sen käyttöä yhdessä käyttäytymismuutosten kanssa.
Asiantuntijat suosittelevat eroahdistusta varten lähtöä ja kotiin saapumista mahdollisimman hillitysti, jotta koiran stressitaso pysyy mahdollisimman pienenä. Lisäksi auton avainten heiluminen ja takin pukeminen tulisi tehdä myös kotona ollessaan, jotta koira ei yhdistä näitä toimintoja omistajansa lähtöön. Koiran miehittäminen leluilla saattaa myös auttaa kääntämään mielen pois, kun omistaja lähtee. Nämä toimenpiteet voivat parantaa klomipramiinin vaikutuksia koirille, jotka kärsivät ahdistuneisuushäiriöistä.
Klomipramiinin hyödyt eivät huomaa heti. Masennuslääkkeiden hoito voi kestää jopa muutaman viikon, ennen kuin vaikutukset havaitaan, toisin kuin ahdistusta ehkäisevien lääkkeiden antamisen yhteydessä havaittu helpotus. Sillä välin omistajien tulee varmistaa, että koira saa riittävästi liikuntaa. Paljon liikuntaa ei ainoastaan vähennä stressiä ja ahdistusta, vaan myös auttaa pitämään koiran kunnossa.
Jos koira ei siedä klomipramiinia tai jos ahdistus on vakavaa, eläinlääkäri voi suositella muita lääkkeitä, joita kutsutaan anksiolyytteiksi. Nämä lääkkeet toimivat hyvin nopeasti oireiden lievittämiseksi ja voivat rauhoittaa koiran muutamassa minuutissa eikä päivinä tai viikkoina. Masennuslääkkeet, kuten klomipramiini, voivat jopa pahentaa ahdistusta joissakin tapauksissa, mutta tämä vaikutus on epätavallinen.