Vaikka mahdollisia haittoja on monia ja monet ihmiset ovat epävarmoja siitä, onko tämä käytäntö moraalisesti oikein, kloonauksen edut ovat lukuisat. Tiettyjä kloonaustyyppejä voidaan käyttää korkeamman ravintoarvon omaavien ruokalähteiden luomiseen, kun taas toisia voidaan käyttää lääketyyppien tai hoitojen luomiseen. Yksi kloonauksen tunnetuimmista eduista on elinsiirto, joka voi mahdollisesti pelastaa onnettomuuden uhrien ja elinluovutusta odottavien ihmisten hengen.
Kloonauksen lääketieteelliset hyödyt voivat alkaa kehon todellisesta ravitsemuksesta. Paitsi että kloonatut lehmät ja kanat voivat tuottaa enemmän munia ja maitoa, mutta tutkijat voivat myös pystyä muuttamaan geneettisesti näiden elintarvikkeiden ravintoarvoa. Imeväiset, jotka eivät voi imettää, voivat hyötyä myös tietyntyyppisistä eläinten kloonauksista. Esimerkiksi lehmä, jonka geneettistä koodia manipuloidaan, voi tuottaa maitoa, joka sisältää samanlaisia proteiineja kuin ihmisen rintamaidossa.
Hedelmällisyys on toinen kloonauksen mahdollisista eduista. Niille, jotka ovat steriilejä, tämä ratkaisu voi antaa toivoa, jos muut vaihtoehdot ovat epäonnistuneet. Yksi yleisimmistä lisääntymiskloonausprosesseista alkaa ruiskuttamalla yhden vanhemman geneettistä materiaalia munasoluun. Kun tämä on tehty, muna stimuloidaan sähköllä tai kemikaaleilla ja asetetaan sitten kohtuun. Vaikka tämä prosessi on jossain määrin suoritettu eläimillä, tarvitaan lisätutkimuksia sen selvittämiseksi, toimiiko se myös ihmisille.
Ravitsemuksen ja hedelmällisyyden lisäksi kloonauksen hyöty ulottuu monien lääketieteellisten ongelmien hoitoon ja mahdollisesti parantamiseen. Elinsiirto on tunnetuin lääketieteellinen käyttö kloonauksessa. Joskus siirretyt elimet kerätään eläimiltä, jotka ihmiset vastaanottavat säännöllisesti. Kloonatuissa eläimissä voi kuitenkin olla ihmisen geenejä, mikä voi tehdä hylkäämisen harvinaisemmaksi. Kloonaus voi myös auttaa korvaamaan luun, ruston ja ihon palovammojen ja onnettomuuksien uhreissa.
Muita kloonauksen lääketieteellisiä etuja ovat kehittyneen lääketieteen luominen. Näitä lääkkeitä voidaan käyttää sydämen ja luuytimen hoitoon, diabeteksen ja nivelreuman hallintaan ja ehkä jopa munuaissairauksien ja Parkinsonin taudin parantamiseen. Lisäksi kloonaus voi myös parantaa tiettyjä syöpätyyppejä korvaamalla mutatoituneet geenit terveillä, normaaleilla. Tämä prosessi koostuu usein immuunisolujen ottamisesta potilaan omasta kehosta, niiden kopioimisesta ja niiden asettamisesta takaisin järjestelmään.