Yleisimpiä kohdun limakalvon ablaation sivuvaikutuksia ovat kuume, kouristukset ja pahoinvointi heti leikkauksen jälkeen. Ei myöskään ole harvinaista, että naiset, joille tehdään tämä toimenpide, kokevat väsymystä ja usein virtsaamista lyhyen ajan, tyypillisesti vain muutaman päivän ablaatioleikkauksen jälkeen. Potilaita neuvotaan, että raskaus kohdun limakalvon ablaation jälkeen on epätodennäköistä, mutta jos se tapahtuu, keskenmenon riski on suuri. Endometriumin tai kohdun ablaatio suoritetaan yleensä naisille, joilla on epäsäännöllinen kuukautiskierto, jolle on ominaista epätavallisen suuri verenhukka syklin aikana. Leikkaus suoritetaan usein potilaille, joilla on endometrioosi, ja se tehdään vasta sen jälkeen, kun muut konservatiivisemmat hoidot ovat epäonnistuneet.
Endometriumin ablaatiomenetelmä on suunniteltu tuhoamaan ohut kerros kohdun limakalvosta, mikä johtaa usein hedelmättömyyteen. Kun biologinen kudos on poistettu, potilaan kuukautiskierto joko pysähtyy kokonaan tai sen vakavuus ja menetetty veren määrä vähenevät huomattavasti. Saatavilla on useita ablaatiomenetelmiä, joihin kuuluvat muun muassa vuorauskerroksen jäädyttäminen, lämmitetyn nesteen käyttö ja laserleikkaus.
Useimmat potilaat kokevat kohdun limakalvon ablaation yleisiä sivuvaikutuksia, kuten kipua, kouristelua ja pahoinvointia. Useimmissa tapauksissa nämä oireet ovat lyhytaikaisia ja esiintyvät usein noin neljä päivää. Ablaatiopotilaat kokevat usein alhaisen asteen kuumetta ja väsymyksen tunteita. Monet naiset huomaavat ohuen, vetisen, verisen vuotamisen myös tunneina ja päivinä leikkauksen jälkeen. Kuten muutkin yleiset kohdun limakalvon ablaation sivuvaikutukset, nämä vaikutukset eivät yleensä ole pitkäkestoisia ja potilas toipuu nopeasti.
Kohdun limakalvon ablaatiolle suositeltavia naisia kehotetaan varhaisessa vaiheessa, että tämä toimenpide todennäköisesti aiheuttaa hedelmättömyyttä, vaikka raskaus voi tapahtua harvoin. Jos kohdun limakalvon ablaation jälkeen tulee raskaus, useimmat raskaudet keskeytyvät spontaanisti tai keskenmenon. Jopa näissä tapauksissa fyysinen vaara naiselle on minimaalinen; useimmat lääkärit ovat kuitenkin huolissaan potilaan henkisestä terveydestä. Tästä syystä jotkut lääkärit ehdottavat, että ablaatiopotilaat käyttävät vaihtoehtoisia syntyvyyden muotoja estääkseen raskauden toimenpiteestä toipumisen jälkeen.
Vaikka useimmat potilaat toipuvat leikkauksesta tuskin ollenkaan tai ei lainkaan, on todistettu vakavammista kohdun limakalvon ablaation sivuvaikutuksista. Potilaat ovat valittaneet kuukautiskierron kaltaisesta kouristuksesta, väsymyksestä ja selkäkivusta, joka ilmenee kuukausia toimenpiteen jälkeen. Muita mahdollisia mutta harvinaisia endometriumin ablaatiolla mahdollisia riskejä ovat myös leikkauksesta johtuva infektio ja pitkäaikainen, runsas verenvuoto.