Kokoonpanolinjan tuotannon keksimisellä oli monia erilaisia etuja, mutta myös menetelmässä on joitain merkittäviä haittoja. Suurin osa eduista liittyy kustannusten alenemiseen ja lopputuotteiden yhtenäisyyden parantamiseen. Korkeamman voittomarginaalin luomisen lisäksi tämä voi johtaa myös tuotteisiin, jotka ovat edullisempia ja helpommin korjattavia. Haittoja, jotka usein liittyvät tähän massatuotantomenetelmään, ovat huonommat rakennusominaisuudet, jäykät tai joustamattomat tuotantolaitokset ja huomattavasti suurempi alkuinvestointi. Tämäntyyppiseen tuotantoon liittyy usein myös yksitoikkoisia tai toistuvia töitä, mikä voi johtaa työntekijöiden motivaatio -ongelmiin.
Ennen kokoonpanolinjan tuloa vaihtoehdoiksi olivat vähemmän tehokkaat menetelmät, kuten kotiteollisuus ja käsityö. Nämä menetelmät mahdollistivat usein korkealaatuisten tuotteiden luomisen, mutta myös niiden valmistuskustannukset olivat korkeat. Jokainen tuote oli myös hieman ainutlaatuinen, mikä voi johtaa ongelmiin, jos korjausta tarvitaan. Koska kokoonpanolinjan tuotanto edellyttää erittäin yhtenäisten tuotteiden luomista nopeasti, monet näistä ongelmista poistettiin. Yksi esimerkki on autojen valmistus, jossa tuotantomenetelmä alensi ajoneuvojen kustannuksia siihen pisteeseen, että työväenluokalla oli varaa ostaa ne.
Kokoonpanolinjoja käyttävä tuotanto poisti monia aikaisempien menetelmien haittoja, vaikka siihen liittyi myös omat ongelmansa. Yksi tämän menetelmän suurimmista haitoista on tuotantolaitoksen perustamiseen tarvittava alkuinvestointi. Tämä voi johtaa siihen, että suuri määrä pääomaa sidotaan huomattavaksi ajaksi, kunnes tehdas tulee kannattavaksi. Toinen aiheeseen liittyvä asia on se, että kokoonpanolinjoja ei tyypillisesti voida muuttaa helposti tai halvalla eri tuotteiden luomiseksi, mikä voi johtaa joustoon.
Myös kokoonpanolinjan tuotanto voi kärsiä henkilöstöongelmista työn yksitoikkoisuuden vuoksi. Käsityö- tai työntuotannossa työntekijä on tyypillisesti vastuussa koko tuotteen luomisesta, ja häntä voidaan kutsua käyttämään erilaisia taitoja. Monet kokoonpanolinjat ovat niin segmentoituja, että jokaisen työntekijän odotetaan suorittavan yhden tehtävän uudestaan ja uudestaan, mikä voi johtaa motivaatiokysymyksiin. Kokoonpanolinjojen tehokkuus voi myös antaa yhden työntekijän tai robotin tehdä monien töitä, mikä voi johtaa tuotannonalan työpaikkojen menetykseen.