Lääketieteellisen jätteen poistaminen vaatii erityistä huolellisuutta lääketieteellisen ja biolääketieteellisen jätteen erittäin vaarallisen luonteen vuoksi. Tällaisia jätteitä voivat olla vaaralliset nesteet, kiinteät aineet, kemikaalit ja terävät esineet. Lääkitysjätteet voivat aiheuttaa vakavia terveys- ja ympäristöriskejä, jos ne hävitetään väärin. Biologisesti vaarallisten materiaalien poistamiseen ja tuhoamiseen on useita oikeita ja suhteellisen turvallisia menetelmiä, mukaan lukien erottaminen värikoordinoituihin, merkittyihin ja suljettuihin astioihin. höyrysterilointi; poltto; ja murskaamista.
Lääkinnälliset jätteet ovat pääasiassa peräisin paikoista, joissa sairauksia hoidetaan ja diagnosoidaan tai joissa kuolleita ihmisiä ja eläimiä käsitellään. Tyypillisiä paikkoja, joissa lääketieteellisen jätteen poistamista vaaditaan säännöllisesti, ovat sairaalat, sairaalahoitolaitokset, ruumishuoneet, laboratoriot ja eläinlääkintätoimistot. Laitos luottaa usein ulkopuolisiin urakoitsijoihin lääketieteellisen jätteen hävittämisessä ja käsittelyssä sen sijaan, että yrittäisi huolehtia siitä itse.
Useimmat lääketieteellisen jätteen poistomenetelmät on aloitettava tiloissa, joissa ne on tuotettu. Yleensä on käytössä tiukat menettelyt erityyppisten vaarallisten materiaalien ensimmäistä eristämistä varten, pääasiassa niiden erottaminen muista jätetyypeistä. Esimerkiksi neulat ja muut terävät esineet on kerättävä erityisesti merkittyihin ja värillisiin astioihin; sama koskee muita biologisia vaaroja, kuten ruhoja, kemikaaleja, toksiineja ja viruksia. Tämä ei ainoastaan auta hävittämään esineitä, vaan myös estää erilaisten biologisten vaarojen ristikontaminaation.
Uudelleenkäytettävien lääkinnällisten laitteiden puhdistus ja sterilointi on toinen lääketieteellisen jätteen poistomenetelmä. Nämä ovat suosittuja menetelmiä, ja ne mahdollistavat kalliiden laitteiden turvallisen käytön edelleen. Puhdistusmenetelmiä ovat sterilointi mikroaalloilla, höyry ja kemiallinen puhdistus. Esimerkiksi ihmisveri voidaan yleensä kaataa tavalliseen viemäriin sen jälkeen, kun se on steriloitu höyryllä.
Kerättyään lääketieteellinen jäte on usein tuhottava, jotta se ei pääse takaisin ympäristöön. Poltto on suosittu tapa hävittää lääketieteellistä jätettä, jossa se johdetaan erittäin korkeisiin lämpötiloihin ja puhdistetaan. Tämä koskee kuitenkin vain tietyntyyppisiä lääketieteellisiä jätteitä; joidenkin polttaminen voi tuoda ilmaan muita vaarallisia aineita, kuten elohopeaa tai dioksiinia. Samoin terävät esineet voidaan sulattaa tai silppua vähentääkseen vaarallisten tilanteiden ja ympäristöonnettomuuksien mahdollisuutta.
Monissa maissa hallitus säätelee vaarallisten jätteiden poistoa kansalaistensa yleisen turvallisuuden ja hyvinvoinnin vuoksi. Esimerkiksi Yhdysvalloissa ympäristönsuojeluvirasto (EPA) antaa määräyksiä ja ohjeita vaarallisten jätteiden turvallisesta poistamisesta, kuljettamisesta ja hävittämisestä. Yhdistyneessä kuningaskunnassa ympäristövirasto antaa tällaisia ohjeita.