Videoneuvottelusta on tulossa yhä suositumpi vaihtoehto liike- ja koulutusmaailmassa sen mukavuuden ja matkakustannusten poistamisen vuoksi. On kuitenkin pidettävä mielessä myös joitakin videoneuvotteluihin liittyviä haittoja. Ensinnäkin, milloin tahansa tekniikkaa käytetään, on odotettavissa teknisiä vaikeuksia; Tämä voi vaihdella ohjelmisto -ongelmista, tietokoneen laitteisto -ongelmista tai jopa ympäröivistä häiriötekijöistä, jotka vaikeuttavat kuulemista tai näkemistä, kuten ympäristön melu toimistossa. Jotkut ihmiset kaipaavat myös henkilökohtaisia yhteyksiä, joita esiintyy perinteisemmässä ympäristössä, kuten kädenpuristus ja katsekontakti, jotka puuttuvat videoneuvottelusta.
Tämän tekniikan käyttöönoton kustannukset ovat toinen yleisimmistä videoneuvottelun haitoista. Yritykset, joilla on paljon työntekijöiden matkakuluja, pitävät tätä prosessia usein sen arvoisena, mutta jotkut pienet yritykset saattavat pitää videoneuvottelukustannuksia kohtuuttomina. Yritysten on myös suunniteltava, mihin ne asentavat videoneuvottelut. esimerkiksi kokoushuone on hyvä valinta, mutta samaa huonetta ei voida käyttää kokouksiin, jos videoneuvottelut ovat käynnissä. Vaikka tämä ei ehkä ole videoneuvottelun haitta, tällaisia logistiikka -asioita kannattaa miettiä.
Tekniset ongelmat ovat yleisimpiä videoneuvottelun haittoja. Ohjelmistohäiriöt ovat melko yleisiä, mikä saattaa vaatia puhelun tekniseen tukeen, mikä keskeyttää koko konferenssin aikataulun. Myös tietokoneen kamera tai mikrofoni voi epäonnistua. Lisäksi joissakin toimistoissa saattaa ilmetä odottamattomia ongelmia, kuten ulkopuolelta tulevaa melua. Videoneuvottelu voi häiriintyä useilla tavoilla, jotka eivät yleensä ole ongelma henkilökohtaisen konferenssin aikana.
Toinen videoneuvottelun tärkeimmistä haitoista on henkilökohtaisten kontaktien puute. Kun yritetään kehittää liikesuhteita tai jopa haastattelemalla jotakuta työhön, voi olla tärkeää nähdä, kuinka henkilö käsittelee itseään ammatillisissa tilanteissa. Vahva kädenpuristus ja ystävällinen katsekontakti ovat joitakin parhaista tavoista määrittää tämä, mutta videoneuvottelut estävät tämän. Koska tekniikka kehittyy edelleen, tämä on todennäköisesti vähemmän ongelma, mutta silti ei voida korvata henkilökohtaista tapaamista. Luonnollisesti videoneuvottelun edut ovat yleensä suurempia kuin muutamat haitat, mutta joissakin tilanteissa mikään ei korvaa vanhanaikaista henkilöiden välistä tapaamista.