Makuuhuone voi olla paitsi lepopaikka, myös toimiva tila makuuhuoneen hyllyvalintojen ansiosta. Valittavana on monia makuuhuoneen hyllytyyppejä riippuen tarvittavasta säilytystilasta, hyllyjen yleisestä käytöstä ja makuuhuoneen koosta. Makuuhuoneen hyllyt koostuvat yleensä erillisistä kirjahyllyistä, pöytähyllyistä, seinähyllyistä, vaatekaappien hyllyistä, sängyn säilytyskaapista ja sängynpäätyhyllyistä.
Helpoin tapa lisätä säilytystilaa makuuhuoneen suunnitteluun on erilliset makuuhuoneen hyllyt, joita on saatavana erikokoisina ja puupäällysteisinä. Nämä hyllyt luovat lisäpaikan kirjojen, lelujen, keräilyesineiden, musiikin ja jopa vaatteiden sijoittamiseen. Makuuhuoneen hyllyjä pidetään yleensä huonekaluina, ja niitä voidaan käyttää seinää vasten tai lisätä olemassa olevan työpöydän tai lipaston päälle, jos lattiapinta on ongelma.
Toinen yleinen tapa lisätä säilytystilaa ja toiminnallisuutta makuuhuoneeseen on järjestää vaatekaappi, jossa on makuuhuoneen hyllyt. Tämä erityinen hylly menee sisälle olemassa oleviin kaappeihin, ja se voidaan räätälöidä mittojen ja varastoitavien tavaroiden mukaan. Makuuhuoneen hyllyjä voidaan käyttää vaatteista ja kengistä koruihin ja asusteisiin, jotta nämä esineet pysyvät paikallaan ja helposti ulottuvilla.
Suosittu hyllytyyppi on seinähylly, joka voidaan ripustaa makuuhuoneen seinille. Näitä on myös laaja valikoima tyylejä, viimeistelyjä ja mittoja, jotka sopivat mihin tahansa makuuhuoneen sisustukseen tai säilytystarpeeseen. On makuuhuonehyllykappaleita, jotka tulevat yhdeksi suureksi hyllyksi, tai niitä, jotka tulevat yksittäisiin “kelluviin” hyllyihin tai seinälaatikoihin, jotka voidaan ripustaa eri tavoin. Jotkut makuuhuoneiden seinähyllyt riippuvat seinään kiinnitetyillä metalliraiteilla, jotta niitä voidaan säätää käyttäjille.
Sängyn säilytyskaapit voivat myös istua minkä tahansa kokoisen sängyn alaosassa. Näitä kutsutaan myös joskus sängynpenkkeiksi tai jalkapöydän hyllyiksi. Puulajeja ja viimeistelyjä voidaan sovittaa olemassa oleviin sängynpäätyihin, lipastoihin ja muihin esineisiin ulkoasun koordinoimiseksi. Jalkapöydän kaapissa on yleensä syvät laatikot ylimääräisten peittojen, kirjojen ja muiden tarvikkeiden säilyttämiseksi, jotka ovat tarpeen makuuhuoneympäristön tekemiseksi mukavaksi.
Lisäksi jotkut makuuhuoneen hyllyosat ovat osa makuuhuoneen huonekaluja, kuten sängynpäätyhyllyt. On myös päätyseinäyksiköitä, joissa on paitsi makuuhuoneen hyllyt, myös säilytyskaapit ja yöpöydät, jotka on rakennettu yhdeksi kappaleeksi. Nämä voivat antaa makuuhuoneen sisustukselle paljon säilytystilaa, mutta ne vievät yleensä enemmän tilaa makuuhuoneen seinällä. Yksinkertainen sängynpäätyinen kirjahylly voi olla sopivampi pieneen makuuhuoneeseen.