Punnittaessa etuja verrattuna mammografiasäteilyn riskiin tutkijat ovat havainneet, että pieniannoksinen säteily voi olla varsin haitallista nuorille naisille, joilla on geneettinen alttius rintasyöpään. Näille naisille asiantuntijat suosittelevat, että mammografiasäteilyä vältetään ja vaihtoehtoisia syövän havaitsemismenetelmiä käytetään. Kaikenikäisillä naisilla toistuvien röntgensäteiden riskit voivat kuitenkin myös aiheuttaa syövän kehittymisen rintakudoksessa, ja jotkut asiantuntijat uskovat, että se voi myös vaikuttaa sydänsairauksien kehittymiseen. Useimmille naisille asiantuntijat ovat yhtä mieltä siitä, että määräajoin tehty mammografia on turvallinen toimenpide, jolla on hyvin pienet riskit.
Mammografiasäteily voi aiheuttaa peruuttamattomia vaurioita tietyille DNA -soluille, kuten BRCA1- ja BRCA2 -soluiksi tunnistetuille rintasolusoluille. Nämä mutatoituneet solut eivät toipu säteilyvaurioista, ja siksi naiset, joilla on nämä mutaatiot, ovat alttiimpia rintasyövän kehittymiselle. Lääkärit uskovat, että naiset, joilla on näitä rintasolumutaatioita ja jotka ovat alle 25-vuotiaita, hyötyvät enemmän syövän havaitsemisesta säteilyttömän magneettikuvauksen (MRI) tai ultraäänimenetelmien avulla.
Jotkut asiantuntijat ovat ilmoittaneet mammografian säteilyaltistuksen olevan erittäin alhainen. Toiset kuitenkin väittävät, että mammografian säteilytasot ylittävät rutiininomaisen röntgentutkimuksen kautta saadun säteilyn määrät jopa 150 kertaa. Kun jokainen rinta saa vähintään kaksi röntgensäteitä, yhteensä neljä röntgenkuvat ovat yleisiä useimmissa mammografiatutkimuksissa. Lääkärit, jotka ovat huolissaan näistä määristä, väittävät, ettei turvallista säteilytasoa ole olemassa ja että pienimmätkin annokset aiheuttavat geenimutaatioita, jotka voivat johtaa syöpäsolujen kehittymiseen.
Rintasyövän kehittymisen lisäksi jotkut asiantuntijat väittävät, että säteilyaltistus voi myös edistää syövän kehittymistä muualla kehossa sekä sydänsairauksien kehittymistä. Tämä on erityisen huolestuttavaa mammografiapotilaille, joille on äskettäin tehty röntgenkuvat myös muihin tutkimuksiin, mukaan lukien hammas- ja rintakokeet. Näille henkilöille mammografiasäteily vain lisää yleistä altistumista ja voi aiheuttaa korjaamattomia soluvaurioita.
Asiantuntijat neuvovat naisia keskustelemaan viimeaikaisista säteilytapauksista lääkärinsä kanssa ennen kuin he suostuvat altistumaan mammografiasäteilylle. Tämä voi minimoida soluvaurioiden riskit. Vaikka mammografiasäteily aiheuttaa vakavan syöpäriskin nuorille naisille, joilla on geneettinen rintasyöpähistoria, useimmat tutkimukset päättelevät, että riski terveille yli 35–40 -vuotiaille naisille on minimaalinen, vaikka soluvaurioiden mahdollisuus liittyy aina säteilyaltistukseen, vaikka pieniä tasoja.