Manukahunajan edut liittyvät yleensä terveyteen, ja hunajaa käytetään usein antibakteeristen ominaisuuksiensa vuoksi sekä sisäisesti että ulkoisesti. Manuka -hunaja voi olla hyödyllinen nopeuttaessa haavojen paranemista ja estämällä niitä tarttumasta. Hunajaa käytetään myös satunnaisesti palovammoihin auttaakseen heitä paranemaan nopeammin ja vähentämään arpia. Manuka -hunajan sisäisiin hyötyihin sisältyy ruoansulatuksen tukeminen sekä kurkkukipun ja erilaisten sisäisten infektioiden lievittäminen. Vaikka useimmat asiantuntijat ovat yhtä mieltä siitä, että manukahunaja voi olla hyödyllinen kaikenlaisten vaivojen hoitoon, on todennäköisesti tehtävä enemmän tutkimusta, ennen kuin hunajaa suositellaan laajalti vaihtoehtona tavanomaisemmille hoitomuodoille.
Henkilö, jolla on minkä tahansa tyyppinen haava tai leikkaus, voi hyötyä siitä, että hän laittaa manukahunajaa haavoittuneelle alueelle. Hunaja voi toimia paitsi esteenä infektioiden estämiselle, mutta se voi myös tappaa haavan sisällä jo olevia bakteereja sen luonnollisten antibakteeristen ominaisuuksien vuoksi. Ihmiset käyttävät usein manukahunajaa palovammoissa, koska se voi nopeuttaa paranemista ja estää infektioita. Kun haavat käsitellään manukahunajalla ennen sidosten tai muiden sidosten levittämistä, haavasiteiden poistaminen voi olla helpompaa ilman kipua, koska hunaja voi estää sidosten tarttumisen ihoon.
Ihmiset, jotka kärsivät ruoansulatusongelmista, voivat saada hyötyä manuka -hunajan ruoansulatukseen liittyvistä eduista. Oksentelua, ripulia ja vatsakipua aiheuttavia mahalaukun sairauksia voi lievittää manukahunaja, varsinkin jos sairaus johtuu pikemminkin bakteeri -infektiosta kuin viruksesta. Ihmiset, jotka kärsivät ärtyvän suolen oireyhtymästä tai IBS: stä, voivat myös hyötyä syömällä vähän manukahunajaa joka päivä. On jo laajalti tiedossa, että hunaja on yleensä hyödyllinen kurkkukipuun, mutta manukahunaja voi olla erityisen hyödyllinen kurkkukipuongelmiin, koska se voi auttaa tappamaan kaikki bakteerit, jotka saattavat aiheuttaa kurkkukipua.
Manuka -hunajan monista mahdollisista eduista huolimatta sen käyttöön liittyy muutamia sivuvaikutuksia. Jotkut ihmiset kokevat lievää ihon ärsytystä, kun he käyttävät manukahunajaa haavoihin. Tämä johtuu todennäköisesti hunajan korkeista happopitoisuuksista, jotka voivat myös aiheuttaa polttavaa tai pistelyä levitettäessä. Kaikista hunajatyypeistä, etenkin raa’asta hunajasta, aiheutuu pieni botulismin vaara, eikä manukahunaja ole poikkeus tähän sääntöön. Botulismin riski on paljon suurempi alle vuoden ikäisillä lapsilla, koska heidän ruoansulatuskanavansa on kehittymätön, ja tästä syystä lääkärit varoittavat yleensä vanhempia antamasta minkäänlaista hunajaa alle vuoden ikäisille lapsille.