Alhainen kehon peruslämpötila on tyypillisesti lukema, joka on alle noin 96 ° C (35.6 ° F). Lämpötila on mitattava levossa, heti heräämisen jälkeen, jotta se olisi tarkka. Tulos osoittaa henkilön aineenvaihduntaa, joten alhainen ruumiinlämpö voi ilmoittaa kilpirauhasen vajaatoiminnasta, mikä johtaa usein sivuvaikutuksiin, kuten ihon kuivumiseen, masennukseen ja väsymykseen. Useimmille naisille tätä pidetään kuitenkin normaalina ainakin osan kuukaudesta, koska kehossa on yleensä alhaisempi lämpötila ennen ovulaatiota osana kaksivaiheista mallia. Tällä on taipumus esiintyä kuukautisten aikana – jolloin alhaisen lämpötilan tyypillisiä vaikutuksia voitaisiin sanoa sisältävän verenvuoto emättimestä, väsymys ja mielialan vaihtelut – vaikkakin alhainen lämpötila on enemmän hormonaalisten muutosten vaikutus kuin ehto, joka aiheuttaa muita vaikutuksia.
Jotkut ihmiset seuraavat kehon peruslämpötilaa säännöllisesti, tyypillisesti käyttämällä lämpömittaria joka aamu ennen sängystä nousemista. Lämpötilan mittaaminen joka päivä samaan aikaan saa yleensä tarkimmat tulokset, ja useimmat lääketieteen ammattilaiset neuvovat, että potilaat kirjaavat lämpötilan vähintään kolmeksi päiväksi peräkkäin havaitakseen kuvion. Tämä johtuu siitä, että satunnainen matala lämpötila ei välttämättä merkitse paljon tai se voi johtua erityisen kylmästä yöstä, mutta jatkuvasti keskimääräistä alhaisemmat lämpötilat voivat merkitä terveysongelmia. Esimerkiksi, koska aineenvaihdunta määräytyy kilpirauhasen vapauttamien hormonien määrän perusteella, alhainen perusaineen lämpötila voi osoittaa kilpirauhasen vajaatoimintaa.
Kilpirauhasen vajaatoiminta aiheuttaa useita oireita, mutta monet ihmiset jäävät diagnosoimatta, koska vaikutukset johtuvat usein muista ongelmista. Esimerkiksi monet potilaat valittavat päänsärkyä, kuivaa ihoa, masennusta, väsymystä, painonnousua ja kylmäherkkyyttä. Kilpirauhasen vajaatoimintaa sairastavat naiset voivat myös havaita epäsäännöllisiä kuukautiskiertoja. Jos tämä tila jätetään hoitamatta vuosiksi, potilaat voivat kärsiä hidastuneesta puheesta, paksusta ihosta ja kyvyttömyydestä maistaa tai haistaa yhtä tehokkaasti kuin tavallisesti.
Monille naisille matala peruslämpötila on kuitenkin normaalia, kunhan se on vain noin puolet kuukaudesta. Tämä johtuu siitä, että kuukautiskierto käyttää kaksivaiheista kaavaa, jossa kehon lämpötila on alhainen syklin kahden ensimmäisen viikon aikana ja korkeampi toisen puoliskon aikana. Korkea estrogeenitaso on yleensä syyllinen ennen ovulaatiota, minkä vuoksi lämpötila nousee heti kehon ovulaation jälkeen, kun progesteroni ottaa vallan. Siksi alhaiseen lämpötilaan voi liittyä sekä verenvuotoa emättimestä että premenstruaalisen oireyhtymän (PMS) oireita, kuten väsymystä, mielialan vaihteluita ja turvotusta.