Pitkittäissydän ja huonompi oliivi, pyramidit ja ponsit muodostavat aivojen alueen, joka tunnetaan aivorungona. Tämä alue on vastuussa autonomisen hermoston prosesseista, jotka säätelevät sykettä, hengitystä, kipuherkkyyttä, oksentelua ja vasomotorisia refleksejä. Koska aivorungon osa, joka yhdistää ponsit selkäytimeen, pitkulainen ydin olisi helppo erehtyä selkärangan kudokseksi, ellei sen sivuilla olevista erillisistä pyramidirakenteista. Pitkittäissydän koostuu pääasiassa valkoisesta ja harmaasta aineesta; se sisältää myös viestintäkanavia, jotka välittävät viestejä puolipallojen välillä sekä aivojen ja selkäytimen välillä. Ottaen huomioon, että koko rakenne on alle 1.2 cm pitkä, useimpien sen mikroskooppisten elementtien yksittäisiä toimintoja ei ymmärretä hyvin.
Kaulakuoren yläosan puolikkaat kulkevat kaarevat kuidut. Näitä löytyy sekä syvältä ytimen sisältä että sen pinnalta. Syvimmät kuidut ovat yleisimpiä, ja ne yhdistävät funiculus graciliksen, funiculus cuneatusin ja restiformin rungon ytimet rapheen.
Raphe löytyy aivan pyramidien yläpuolelta pitkänomaisen ytimen keskellä. Se koostuu tiheästä neuronien ja hermokuitujen seoksesta. Sen kuidut ulottuvat moniin suuntiin, joista osa liittyy neljännen kammion lattiaan.
Joskus neljättä kammioa pidetään joskus ponsin alimpana osana, ja sitä voidaan pitää myös ylikulmaisen ytimen osana. Hypoglossaalinen ydin ja epäselvä ydin löytyvät sen sisältä sekä sekä hypoglossaalisten että glossofaryngeaalisten lisähermojen lähtökohta. Tässä timantinmuotoisessa rakenteessa on sekä lattia että katto. Katon muodostaa medullaarinen vela, ja lattia koostuu rhomboidista fossa ja formatio reticularis.
Formatio reticularis on epätavallinen rakenne, joka löytyy oliivin ja pyramidien takaa. Se koostuu hermosäikeistä, jotka on järjestetty 90 asteen kulmaan toisiinsa nähden. Ne muodostavat yhteyden oliiviin, selkäytimeen, funiculus cuneatusiin ja funiculus gracilisiin.
Harmaata ainetta löytyy koko ytimen sivuttaisosasta. Sen sisällä on suuri määrä elintärkeitä ytimiä, joita käytetään aistitietojen siirtämiseen ääreishermostosta. Harmaa aine sisältää myös monia kallon hermoja.