Yleisin kuukautisten jäämisen syy on raskaus, mutta mahdollisia syitä on lukuisia. Ehkäisymenetelmät, imetys ja emotionaalinen stressi ovat myös joitakin mahdollisia syitä kuukautisten myöhästymiseen. Raskaus on yleisintä silloin, kun nainen on seksuaalisesti aktiivinen, ja sen pitäisi todennäköisesti olla ensimmäinen asia, joka voidaan sulkea pois, mutta varhainen raskaus ei välttämättä rekisteröidy perusraskaustestit. Terveydenhuollon ammattilaisen näkemistä suositellaan yleensä, kun naisella on selittämätön kuukautiskierto.
Kun kuukautiset puuttuvat ja nainen on ollut seksuaalisesti aktiivinen, raskaus on tyypillisesti ensimmäinen ja usein oikea olettamus. Nykyaikaiset raskaustestit ovat yleensä erittäin tarkkoja, kun ohjeita noudatetaan oikein, ja ne voivat havaita raskauden jo viisi päivää ennen kuukautisten alkamista. Varhainen havaitseminen ei kuitenkaan välttämättä ole yhtä tarkka kuin myöhästyneen ajan jälkeen tehdyt raskaustestit.
Ehkäisymenetelmät voivat johtaa kuukautisten myöhästymiseen muutamasta syystä. Ehkäisymenetelmien vaihtaminen voi joskus aiheuttaa kuukautisten menetyksen, kun keho sopeutuu uuteen säänneltyyn sykliin. Muut syntyvyyden muodot tai menetelmät tietyntyyppisen ehkäisymenetelmän hyödyntämiseksi voivat tarkoituksellisesti tukahduttaa kuukautiset tai aiheuttaa niiden tapahtuvan paljon epäsäännöllisemmin kuin ilman säätelyä.
Imetys voi estää kuukautisten uusiutumisen, kunnes nainen lopettaa imetyksen. Jotkut naiset kertovat, että he eivät kokeneet säännöllisiä kuukautisia vasta lapsen kutomisen jälkeen, mutta monet naiset alkavat kuukautisia viikkojen tai kuukausien kuluessa lapsen syntymästä. Tämä on normaalia, mutta tarkoittaa myös sitä, että nainen voi tulla uudelleen raskaaksi. Jos imetyksen aiheuttamaa hedelmättömyyden puutetta käytettiin ehkäisymenetelmänä, naisen on käytettävä muita menetelmiä raskauden ehkäisemiseksi.
Monet emotionaalisen, henkisen ja fyysisen stressin syyt voivat johtaa kuukautisten jäämiseen. Kun keho on paljon stressiä, uskotaan, että tämä voi häiritä normaalia toimintaa tavalla, joka voi aiheuttaa kuukautisten välttämisen. Tämän tavanomaisen toiminnan menetyksen aiheuttaman stressin määrä voi vaihdella merkittävästi henkilöstä toiseen, ja jatkuva stressitaso voi johtaa jaksojen puutteeseen pidemmän aikaa. Joitakin yleisiä esimerkkejä stressityypeistä, jotka voivat johtaa kuukautisten menettämiseen, ovat vaativa työaika, parisuhdeongelman aiheuttama vakava emotionaalinen rasitus tai läheisen kuolema.