Yksinkertaisuuden vuoksi miesten lisääntymisjärjestelmä voidaan jakaa sisäisiin ja ulkoisiin osiin. Ulkoisesti järjestelmä koostuu peniksestä ja kivespussista. Kivespussin sisällä on kivekset, lisäkivekset ja pakettiautot. Muita urospuolisten lisääntymisjärjestelmän sisäisiä osia ovat eturauhanen, bulbouretraaliset rauhaset ja virtsaputki.
Penis on yksi miesten lisääntymisjärjestelmän tunnetuimmista osista, ja siinä on kaksi pääosaa. Glans tai peniksen pää on osa, jonka uskotaan edistävän merkittävästi seksuaalisen kokemuksen nautintoa. Peniksen toinen osa on varsi, joka on peniksen lieriömäinen osa, joka jäykistyy ja pidentyy seksuaalisen kiihottumisen aikana.
Peniksen alapuolella on pussimainen rakenne, jota kutsutaan kivespussiksi. Se sisältää kaksi soikean muotoista osaa, joita kutsutaan kiveksiksi ja jotka ovat vastuussa siittiöiden tuotannosta ja varastoinnista sekä testosteronin tuotannosta. Kivespussissa on myös lisäkives ja vans deferens, jotka toimivat urospuolisten lisääntymisjärjestelmän putkiverkostona. Toinen tärkeä kivespussin tehtävä on, että se auttaa laajentumisen ja supistumisen kautta säätelemään kiveksen lämpötilaa altistamalla ne enemmän tai vähemmän kehon lämmölle.
Siemenvesikkelit sijaitsevat lähellä virtsarakon pohjaa. Nämä pienet pussimaiset rakenteet yhdistyvät vans deferensiin. Suurin osa siemennesteestä muodostuu näistä rakenteista. Sen osuus on fruktoosipitoinen ja tarjoaa siten siittiöille polttoainetta, joka tarvitaan liikkuvuuteen.
Eturauhanen on miesten lisääntymisjärjestelmän sisäinen osa. Se sijaitsee virtsarakon alla ja sillä on rooli siemennesteen tuotannossa lisäämällä siittiöitä ravitsevia nesteitä. Virtsaputki on käytävä, joka kuljettaa virtsaa virtsarakosta virtsaputkeen. Tämä käytävä, joka kulkee eturauhasen läpi, kuljettaa myös siemennestettä. Virtsaputki on rakennettu siten, että se ei salli siemennesteen ja virtsan sekoittumista tai samanaikaista kuljettamista.
Virtsaputken sivuilla on bulbouretraaliset rauhaset, joita joskus kutsutaan Cowperin rauhasiksi. Nämä rakenteet tuottavat kirkasta nestettä, joka usein erittyy peniksestä aikana, jolloin mies on seksuaalisesti kiihottunut mutta ennen siemensyöksyä. Se, että nestettä syntyy ennen siemensyöksyä, on merkittävä, koska sen tarkoituksena uskotaan olevan yksi voiteluaine. Kun se valuu virtsaputkeen, sen uskotaan myös neutraloivan virtsasta mahdollisesti aiheutuvaa happamuutta.