Mikroaaltouunilla valmistetut jälkiruoat ovat hyvä vaihtoehto niille, jotka haluavat valmistaa makeita herkkuja viettämättä paljon aikaa keittiössä tai lämmittämättä taloa kytkemällä uunin päälle. Monet ihmiset eivät ymmärrä, että mikroaaltouunissa voidaan valmistaa useita erilaisia jälkiruokia. Helpoimpia mikroaaltouunilla valmistettavia jälkiruokia ovat suklaan kastetut hedelmät. On myös mahdollista tehdä karkkeja, kuten fudgea ja maustettuja haukkuja, mikroaaltouunissa. Jopa sienikakut voidaan valmistaa muutamassa minuutissa mikroaaltouunilla.
Suklaakastetut hedelmät ovat yksi yksinkertaisimmista mikroaaltouuni-jälkiruokista. Tämän tyyppisen jälkiruoan valmistaminen sisältää hienonnetun suklaan tai suklaalastujen sulamisen sekä reseptistä riippuen muita ainesosia, kuten kermaa tai vaniljaa. Suklaafonduea varten viipaloidut hedelmät voidaan vartaat, kastaa sulatettuun suklaaseen ja syödä heti. Vaihtoehtoisesti kokit voivat kastaa hedelmiä ja antaa niiden levätä vahatulla paperilla, kunnes suklaa on kovettunut makeaksi kuoreksi. Maun lisäämiseksi hedelmiä voidaan ripotella täytteillä, kuten hienonnetuilla pähkinöillä tai raastetulla kookospähkinällä, ennen kuin suklaa on alkanut kuivua.
Hieman säätämällä jotkut perinteiset karkit toimivat hyvin myös mikroaaltouunin jälkiruokina. Esimerkiksi lämmittämällä voita, suklaapaloja ja kermaa mikroaaltouunissa ja sekoittamalla ne sitten konditorisokeriin ja vaniljaan, on mahdollista tehdä fudgea ilman tarvetta viipyä liesi. Makujauhoja, kuten piparmintunkuorta ja suklaakuorta, voidaan valmistaa myös mikroaaltouunissa. Tämän hoidon valmistamiseksi sulatetut karkkikappaleet yhdistetään muihin ainesosiin, kuten piparminttu -ydin tai hienonnettu pähkinä, levitetään valmiiseen pannuun ja annetaan kovettua.
Monet kiireiset kokit ovat iloisia kuullessaan, että jopa yhden annoksen sienikakut voidaan valmistaa mikroaaltouunissa. Tämän kakun valmistamiseksi ainesosat, kuten jauhot, sokeri, öljy, suola ja vaniljauute, yhdistetään viljakulhoon tai isoon mukiin. Muki tai kulho asetetaan sitten mikroaaltouuniin ja keitetään noin kaksi minuuttia. Ne, jotka ovat kiinnostuneita mikroaaltouunista valmistetun sokerikakun tai muiden mikroaaltouunien jälkiruokien valmistamisesta, voivat löytää runsaasti reseptejä Internet-pohjaisista ruoanlaitto-sivustoista.