Mikroskoopin osat voivat vaihdella mikroskoopista toiseen. On kuitenkin olemassa muutamia osia, jotka ovat yhteisiä kaikille mikroskoopeille. Aluksi mikroskoopit vaativat voimakasta valoa, erityisesti ne, jotka tehostavat kuvaa suurimmalla teholla. Joskus mikroskoopin lamppuja käytetään lisääntyneen valon tavoitteen saavuttamiseen, joskus pelkkä peilin käyttö tekee tempun. Jos peili on yksi mikroskoopin osista, käytä sitä heijastamaan valoa ulkopuolisesta lähteestä lavan pohjan läpi.
Lava on tasainen alusta, joka pitää diat paikallaan lavan kiinnikkeiden avulla. Joskus mikroskoopilla on mekaaninen vaihe. Jos näin on, lava nousee ja laskee kiertämällä yksi nuppi ja liikkuu vasemmalle tai oikealle toisen nupin avulla. On hyödyllistä siirtää lavaa, kunnes näyte on valon päällä lavan alla. Mikroskoopilla tarkastettavaa kohdetta kutsutaan näytteeksi.
Pyörivässä nenäkappaleessa on yleensä useita objektiivilinssejä. Pyörivä nenäkappale on yksi mikroskoopin osista, johon mahtuu kaksi, kolme, neljä tai useampi objektiivi – lisää tai vähennä tehoa kääntämällä sitä. Yleensä näyte löydetään pienimmällä teholla. Jos esimerkiksi tutkija aloittaa etsimällä näytteen 4 -kertaisella suurennuksella; sitten tehoa voidaan lisätä asteittain 10X, 40X tai 100X tarpeen mukaan. Lisäksi okulaarin linssi – linssi, jonka tutkija katsoo mikroskoopin yläosassa – voi olla 10 -kertainen suurennus; Näyte voidaan näin ollen katsoa 100X, 400X tai 1000X suurennoksella, kun okulaarilinssin ja objektiivin teho yhdistetään.
Muutamia muita mikroskoopin osia ovat karkea säätönuppi ja hienosäätönuppi. Karkea säätönuppi tekee suuria mittakaavan säätöjä näytteen tarkentamiseksi. Hienosäätönuppi tekee pieniä säätöjä, ja sen pitäisi olla ainoa nuppi, jota käytetään suuremmilla voimilla.
Muita mikroskoopin osia ovat lauhdutinlinssi ja kalvo tai iiris. Lauhdutinlinssi kohdistaa valon näytteeseen. Se toimii parhaiten, jos sitä käytetään korkeammilla tehoilla, kuten 400X tai enemmän, ja tekee kuvasta paljon terävämmän. Kalvo tai iiris on pyörivä taso lavan alla. Siinä on useita erikokoisia reikiä ja se sallii vaihtelevan määrän valoa luistille – paksumpi näyte tarvitsee enemmän valoa kuin ohuempi näyte.