Vaikka monivitamiinien katsotaan yleensä olevan positiivinen lisä päivittäiseen rutiiniin, joitain sivuvaikutuksia saattaa ilmetä. Monivitamiinien yleisimpiä sivuvaikutuksia ovat yleensä pahoinvointi, ummetus ja ripuli. Jotkut ihmiset voivat myös kokea allergisen reaktion, jolle on yleensä ominaista hengitysvaikeudet, nokkosihottuma, kutina ja kasvojen, huulten tai kielen turvotus. Joillakin monivitamiinien sisältämillä mineraaleilla voi olla jopa vakavampia sivuvaikutuksia, kuten sappikivet, sydämen tukos, munuaiskivet ja elinten vajaatoiminta.
Jotkut monivitamiinien yleiset sivuvaikutukset ovat väliaikaisia, ja niiden pitäisi poistua ajoissa, kun keho on sopeutunut vitamiiniin. Esimerkiksi jotkut ihmiset kokevat pahoinvointia, ummetusta tai ripulia, kun he ensin ottavat monivitamiinivalmisteita. Jotkut vitamiinit sisältävät kivennäisaineita, jotka aiheuttavat yleensä haittavaikutuksia, mutta jotka eivät välttämättä ole haitallisia. Yksi esimerkki on, että rautaa sisältävät monivitamiinit aiheuttavat värjäytyneen ulosteen. Nämä monivitamiinien sivuvaikutukset eivät yleensä vaadi käyttäjiä lopettamaan käyttöä, elleivät ne katoa jonkin ajan kuluttua niiden lisäämisestä päivittäiseen rutiiniin.
Monivitamiineilla on vakavampia sivuvaikutuksia, joita ei pidetä normaalina, ja niistä on ilmoitettava lääkärille heti vitamiinien käytön lopettamisen jälkeen. Useimmat niistä liittyvät vahingossa tapahtuneeseen vitamiinin yliannostukseen, mikä voi olla jonkin verran yleistä, koska monet ihmiset joko eivät tiedä oikeaa annostusta tai olettavat, ettei ole olemassa liikaa vitamiineja. Esimerkiksi kalsiumin liiallinen käyttö voi aiheuttaa sappikiviä, munuaiskiviä ja sydänongelmia yhdessä ummetuksen ja pahoinvoinnin tyypillisten monivitamiinisten sivuvaikutusten kanssa. Ylimääräinen kalium voi johtaa sydämen tukkeutumiseen, ja nämä ovat vain muutamia mineraaleja, jotka johtavat usein lääketieteellisiin ongelmiin, kun niitä otetaan liian monta kerralla.
Jotkut ihmiset saattavat huomata olevansa allergisia tietyille monivitamiinien sisältämille mineraaleille. Tämä ei ehkä ole ilmeistä, ennen kuin ilmenee erityisiä oireita, kuten hengitysvaikeuksia tai puristava tunne rinnassa. Vaikka nämä monivitamiinien huolestuttavat sivuvaikutukset ovat melko vakavia, myös joitain vähemmän ilmeisiä reaktioita voi esiintyä. Nokkosihottuma, kutina ja ihottuma ovat kaikki merkkejä monivitamiiniallergiasta, samoin kuin suun, kielen ja huulten turvotus. Valitettavasti voi olla vaikeaa sanoa, mikä mineraali aiheuttaa allergian, kun käytät monivitamiinia, koska useimmat lisäravinteet sisältävät melko vähän.