Lääkärit ovat määränneet erilaisiin hengityselinsairauksiin, mukolüütit yleensä tekevät keuhkojen liman ohuemmaksi ja vähemmän tahmeaksi. Limaa yskitään usein helpommin, kun lääkkeitä hengitetään; siksi keuhkoihin mahdollisesti haitalliset nesteet poistetaan kehosta. Mucolyticsin turvallisuudesta ei yleensä ole huolta, mutta jotkut ihmiset tuottavat enemmän limaa ottaessaan niitä. Toiset voivat saada vatsavaivoja tai ärsyttää hengitysteitä.
Mucolyyttien vakavimpia sivuvaikutuksia ovat hengitysvaikeudet ja keuhkoputkien hengitysteiden kiristäminen. Yleensä suositellaan ottamaan yhteyttä lääkäriin, jos näitä ongelmia ilmenee, kun taas uneliaisuus, pahoinvointi ja kuume ovat joskus mahdollisia. Vatsavaivat ovat kuitenkin tyypillisesti yleisin sivuvaikutus. Jotkut ihmiset saavat myös vuotavaa nenää, kurkkukipua tai yskää limakalvojen vaikutuksesta tai heillä on kireä tunne iholla.
Näiden lääkkeiden ottamisesta voi kehittyä ihottumaa, ja tällainen sivuvaikutus ilmenee joskus, kun hengityselinten lääkitystä käytetään muiden lääkkeiden, kuten joditetun glyserolin, kanssa. Yleensä ei suositella mukolääkkeiden käyttöä yli 12 kuukauden ajan; pitkäaikainen käyttö voi heikentää kilpirauhasen toimintaa. Vaikka tutkimukset eivät ole osoittaneet haitallisia vaikutuksia, raskaana olevien naisten tulee yleensä neuvotella lääkärin kanssa, jos suunnittelet tällaisten lääkkeiden käyttöä.
Annokset vaihtelevat usein potilaan ja hänen tilansa mukaan. Tyypillisesti on tärkeää noudattaa reseptiä, kun taas unohtunut annos voidaan korvata heti kun muistat. Annosten kaksinkertaistaminen tai aikataulujen muuttaminen ei yleensä ole välttämätöntä, ellei lääkäri suosittele tekemään niin. Mucolyyttejä ei yleensä saa sekoittaa muiden hengitettävien hengityselinten lääkkeiden kanssa. ne yleensä auttavat ylimääräisen liman poistamisessa, mutta tutkimukset eivät ole määrittäneet, parantavatko lääkkeet keuhkojen kapasiteettia ihmisillä, joilla on krooninen obstruktiivinen keuhkosairaus (COPD).
Näitä lääkkeitä käytetään joskus olosuhteissa, joissa limaa tuotetaan suuria määriä, kuten kroonista keuhkoputkentulehdusta ja keuhkoahtaumatautia. Sitä voidaan myös määrätä ihmisille kystisen fibroosin hoidossa. Muut käyttötarkoitukset sisältävät toisinaan liiallisen liman liukenemisen suolistossa, kun taas trakeostomiaa sairastavat ihmiset, jotka saavat anestesiaa rintaleikkauksen aikana ja joutuvat keuhkoputkikokeisiin, hyötyvät usein. Hengityselinten ja suoliston hoidon lisäksi näitä lääkkeitä määrätään joskus myös vakavaan silmien kuivumiseen.