Munuaiskivileikkauksessa on sekä hyviä että huonoja puolia. Ammattilaisten joukossa on helpotus kivuliaista tai epämiellyttävistä oireista sekä munuaiskivien poistaminen, jotka ovat liian suuria siirtymään itsestään. Munuaiskivileikkaus tarjoaa myös hyödyn potilaan terveyttä vaikeuttavien kivien nopeasta poistamisesta. Mitä tulee haittoihin, tämäntyyppisellä leikkauksella on riskejä, kuten liiallinen verenvuoto, ja siihen liittyy sivuvaikutuksia, kuten verihyytymiä ja infektio. Henkilö voi myös kokea kipua ja epämukavuutta toipumisen aikana, eikä leikkaus voi estää munuaiskivien uusiutumista.
Suurin hyöty munuaiskivileikkauksesta on munuaiskivien poistaminen. Munuaiskivet ovat usein epämukavia, ja jotkut ihmiset kokevat äärimmäistä kipua odottaessaan niiden siirtymistä itsestään tai muiden lääketieteellisten hoitojen seurauksena. Munuaiskivileikkaus voi helpottaa munuaiskivikipua nopeammin. Useimmissa tapauksissa tämäntyyppinen leikkaus mahdollistaa kivien poistamisen aiheuttamatta pysyviä vaurioita keholle.
Munuaiskivileikkaus voi osoittautua hyödylliseksi myös monimutkaisissa munuaiskivitapauksissa, joita on vaikea hoitaa muulla tavalla tai jotka edistävät muiden terveysongelmien kehittymistä. Se on usein ensisijainen hoitomenetelmä, esimerkiksi liian suuret munuaiskivet kulkevat itsestään. Leikkaus voi myös osoittautua hyödylliseksi suurenevien munuaiskivien hoidossa. Samoin tämäntyyppinen leikkaus voi olla hyödyllinen, kun munuaiskivi heikentää virtsan virtausta, edistää infektioita tai lisää munuaisvaurion riskiä.
Valitettavasti munuaiskivileikkauksessa on myös haittoja. Haittapuolia ovat munuaiskivileikkauksen riskit. Kuten muillakin leikkaustyypeillä, henkilöllä on riski liiallisesta verenvuodosta ja anestesian haittavaikutuksista munuaiskivileikkauksella; verihyytymät, infektiot ja leikkauksen jälkeinen kipu ovat myös riskejä ja sivuvaikutuksia. On kuitenkin tärkeää huomata, että leikkauksen mahdolliset riskit ja sivuvaikutukset vaihtelevat henkilön valitseman leikkaustyypin mukaan. Vaikka joillakin ihmisillä on avoin leikkaus munuaiskivien poistamiseksi, on olemassa minimaalisesti invasiivisia leikkauksia, joihin liittyy vähemmän riskejä ja sivuvaikutuksia.
Toinen munuaiskivien leikkauksen käytön haitta on se, että se ei voi poistaa ihmistä munuaiskivistä loppuelämänsä ajan. Munuaiskivet voivat palata ja vaatia potilasta ryhtymään toimenpiteisiin niiden hoitamiseksi vielä kerran. Jos munuaiskivien syy hoidetaan onnistuneesti munuaiskivien poiston lisäksi, uusien kivien kehittyminen on epätodennäköisempää.