Munuaiskivistentin asettaminen virtsaputkeen munuaisen ja virtsarakon väliin voi aiheuttaa useita epämiellyttäviä sivuvaikutuksia. Potilaat tuntevat usein tarpeen virtsata usein ja kiireellisesti, ja virtsatessaan virtsarakko ei ehkä tunnu siltä kuin se olisi täysin tyhjentynyt. Jotkut ihmiset saattavat havaita verta virtsassaan tai saada infektion. Stentti voi olla hyvin havaittavissa etenkin harjoituksen aikana tai kun potilas on tietyissä asennoissa. Myös virtsarakossa, munuaisissa ja vatsan lähialueilla voi olla kipua.
Jotkut munuaiskivistentin ensisijaisista sivuvaikutuksista ovat muutokset potilaan virtsaamisessa. Monet ihmiset valittavat, että heidän mielestään heidän on virtsattava tavallista useammin. Virtsaamistarve voi myös olla hyvin äkillinen ja voimakas, pakottaen ihmiset kiirehtimään kylpyhuoneeseen. Kun ne ovat menneet, rakko voi silti tuntua jonkin verran täynnä, mikä saa heidät tuntemaan, että heidän on mentävä uudelleen heti.
Toinen ongelma, joka voi ilmetä, on veri virtsassa. Tämä voi johtua virtsarakon tai munuaisten ärsytyksestä niiden sisällä olevien stentin päiden kautta. Yleensä ongelma ratkeaa itsestään, ja siihen voi myös auttaa lisääntynyt nesteen saanti.
Infektio voi olla toinen tulos munuaiskivistentistä. Useimmiten munuaiset ovat stenttiin liittyvän infektion paikka. Antibioottihoito voi olla tarpeen sen selvittämiseksi.
Mahdollisuus tuntea munuaiskivistentti kehossa on toinen ongelma, jota monet potilaat kohtaavat. Toisin kuin muut laitteistot, jotka on sijoitettu kehoon ja joita ei voi tuntea sen ollessa siellä, virtsaputken stentti on tyypillisesti melko havaittavissa, ja useimmat potilaat ovat siitä jatkuvasti tietoisia. Vaikka se on tehty joustavaksi ja liikkumaan kehon kanssa, tietyt toiminnot tai asennot voivat olla epämukavia joillekin potilaille, jos se liikuttaa stenttia liikaa.
Monille potilaille, joilla on munuaiskivistentti, kipu on ongelma. Kipu voi olla paikallista munuaisille ja virtsarakon alueelle, tai se voi tuntua yleisemmin vatsan, sivun ja selän poikki. Kipu voi pahentua virtsaamisen tai liikunnan jälkeen. Joskus on myös mahdollista, että stentti siirtyy enemmän virtsarakkoon tai munuaisiin, mikä voi ärsyttää joko elintä tai ääritapauksissa johtaa puhkeamiseen.