Naaraspuolisen papukaijan erottaminen uroksesta voi olla hyvin vaikeaa, koska tämän lajin molemmilla sukupuolilla on tyypillisesti hyvin samankaltaiset merkinnät. Kasvattajat ovat yleensä samaa mieltä siitä, että viljan väri tai nenän aukkoja ympäröivän nokan päällä oleva iho on hyvä osoitus papukaijan sukupuolesta. Naaraspuolisen papukaijan vilja vaihtelee tyypillisesti värisävyltään, jos se kulkee hormonaalisen hedelmällisyysjakson läpi, kun taas urospuolisen linnun aivot pysyvät yleensä väriltään selvästi sinisinä. Naaraspuolisen papukaijan aivoväri on yleensä ruskehtava, kun se on hormonaalisen syklin hedelmällisessä osassa, mutta muuttuu yleensä vaaleansiniseksi, kun lintu ei ole hedelmällinen tai jos lintu on sairas.
Alle vuoden ikäisen papukaijan sukupuolen tunnistaminen voi olla vielä vaikeampaa. Epäkypsän naisen aivot ovat yleensä vaaleansinisiä ja heikot valkoiset ympyrät nenän aukkojen ympärillä. Kypsymättömän uroksen toisaalta väri on usein vaaleanpunainen tai purppura.
Monet lintulajit merkitsevät jyrkästi erilaisia merkintöjä sukupuolensa mukaan, mikä helpottaa urosten erottamista naaraista. Parakettien värit ja merkinnät ovat kuitenkin yleensä samat sukupuolesta riippumatta. Asiantuntijat suosittelevat tyypillisesti viljan ihon tarkkaa tarkastelua.
Kun täysikasvuinen ja hyvässä kunnossa, keskimääräisellä naaras papukaijalla on vilja, joka on likaisen ruskea. Joillakin naarasparikkailla on vilja, joka on ruskehtava keskellä ja valkoista reunojen ympärillä. Muilla linnuilla koko vilja on ruskeaa. Viljan sävyn pimeyden uskotaan yleensä osoittavan linnun hedelmällisyyden tason, ja tummimmat värit osoittavat, että naaras on hedelmällisin.
Jos papukaija-naaras on siirtynyt hormonaalisen syklin hedelmättömään osaan, vilja saa usein vaalean sinertävän sävyn ruskean sijasta. Huonosti terveen naaraspuolisen papukaijan aivot voivat muuttua hyvin kalpeiksi ja jopa muuttua valkoisiksi. Alue palaa yleensä normaaliin ruskehtavaan väriin kolmen tai neljän viikon kuluessa sairaudesta toipumisesta. Jos alue pysyy hyvin vaaleana yli kuukauden ajan, lintu saattaa kärsiä hormonaalisesta epätasapainosta.