Negatiivinen ioniterapia voi helpottaa kausiluonteista mielialahäiriötä ja sillä on antimikrobisia vaikutuksia, mutta se tuottaa myös otsonin hajua ja rajoittaa päästöjä. Monet pitävät negatiivisen ilmanionisaatiohoidon vaikutuksia helpottavana monista fyysisistä oireista ja parantavat yleistä terveyttä, ja se on erittäin suosittu Japanissa ja Euroopassa. Rajoitetut tutkimukset osoittavat, että negatiiviset ionigeneraattorit voivat itse asiassa muuttaa ilmanlaatua, mutta mahdolliset terveyshyödyt vaikuttavat vain joihinkin ihmisiin.
Tutkijat ovat havainneet, että putoavat vesiputoukset ja kaatuvat aallot tarjoavat enemmän kuin esteettisen vaikutuksen. Kun vesimolekyylit törmäävät, tapahtuu kemiallinen reaktio, joka vapauttaa negatiivisesti varautuneet ionit ilmaan, mikä tuottaa rauhoittavan vaikutuksen. Jotkut lääkärit uskovat, että tavallinen kotisuihku tekee saman ja aiheuttaa saman reaktion. Kun psykologit paljastivat kausiluonteisesta mielialahäiriöstä tai lievästä masennuksesta kärsiviä henkilöitä huoneeseen, joka oli täynnä negatiivisia ioneja, monet kokivat helpotusta. Tutkimukset osoittavat, että tämä hoito vähentää serotoniinipitoisuuksia, neurotransmitteriä, joka tuottaa joillakin hyper-kiihtyvyyttä ja kääntää melankolian vaikutuksen.
Vaihtoehtoiseksi lääketieteeksi luokiteltu negatiivinen ioniterapia voi vapauttaa jotkut käyttäjät reseptilääkkeistä ja niiden monista haittavaikutuksista. Jotkut tutkimukset väittävät myös, että negatiivisesti varautuneet huoneet poistavat ilmassa leviäviä bakteereja ja viruksia tuottamalla vetyperoksidia, joka tappaa anaerobiset mikrobit. Maataloustutkimukset raportoivat ilmassa olevien pölyhiukkasten vähenemisestä karjaympäristössä, koska negatiiviset ionit oletettavasti kasautuvat hiukkasten kanssa, mikä lisää niiden painoa ja saa epäpuhtauksia putoamaan ilmasta. Tämän reaktion uskotaan myös hyödyttävän tiettyjä allergikoita minimoimalla hengittävien antigeenien aiheuttamat oireet ja helpottaen siten allergioita.
Ihanteelliset negatiivisesti varautuneet ulkoympäristöt sisältävät tyypillisesti 5,000 tai enemmän negatiivisia ioneja kuutiosenttimetriä kohti. Jotta sisä ionihoito olisi yhtä tehokasta, sen on tuotettava samanlaisia tasoja. Lämmitys- ja ilmastointijärjestelmät ja elektroniset laitteet lähettävät yleensä positiivisesti varautuneita ioneja, ja negatiivisten ioniterapiageneraattoreiden täytyy kulkea jatkuvasti laitteen läpi tai induktiotuulettimet, jotka kiertävät negatiivisesti varautunutta ilmaa niiden estämiseksi ja täyttävät huoneen negatiivisilla ioneilla. Monissa laitteissa ei ole tuulettimia, ja valmistajat ehdottavat, että edut ovat vain generaattorin välittömässä läheisyydessä.
Toinen negatiivisen ioniterapian haittapuoli on haju, joka on samanlainen kuin teollisuuspäästöjen saastuttamassa suuressa kaupungissa. Liiallinen määrä negatiivisia ioneja tuottaa O3: ta tai otsonia korkeassa kosteudessa. Varautuneet ja raskaat hiukkaset eivät vain pysty pysymään ilmassa, vaan ne houkuttelevat mihin tahansa positiivisesti varautuneeseen pintaan, mikä voi tuottaa enemmän näkyvää pölyä ja likaa. Jotkut terveydenhuollon tarjoajat väittävät myös, että vain kolmasosa väestöstä saattaa todella huomata negatiivisten ionien vaikutukset.