Omepratsolin sivuvaikutukset johtavat hansikkaasta lievistä ja tavallisista vakavampiin terveysongelmiin. Joissakin tapauksissa nämä haittavaikutukset voivat vaikuttaa muihin olemassa oleviin tiloihin. Pieniä valituksia ovat pahoinvointi ja vatsakipu, ja sellaiset oireet kuin suun turvotus ja hengitysvaikeudet osoittavat vakavampia reaktioita lääkkeeseen. Omepratsolia käytetään yleisesti kroonisten närästysten ja happamat refluksitautien hoitoon. Kuten kaikentyyppisten reseptilääkkeiden kohdalla, lääkäriyhteisö neuvoo voimakkaasti, että potilaat ilmoittavat pienistä tai vakavista komplikaatioista lääkkeen ottamisesta, mikä osoittautuu pitkäaikaiseksi tai kiusalliseksi.
Yleisimpiä omepratsolin sivuvaikutuksia ovat pahoinvointi ja vatsakipu. Myös muita vatsavaivoja voi esiintyä, erityisesti oksentelua ja lievää kouristelua. Epätavallisista kaasun oireista voi tulla ongelma joillekin ihmisille, jotka ovat äskettäin aloittaneet tämän tyyppisen hoidon. Jotkut potilaat, jotka määräsivät tämän happorefluksilääkityksen, raportoivat pienistä ongelmista yleisesti esiintyvien päänsärkyjen kanssa. Useimmat lääketieteen ammattilaiset eivät pidä näitä oireita erityisen vaarallisina, mutta on suositeltavaa, että potilas ottaa yhteyttä lääkäriin, jos ärsyttävät oireet eivät häviä itsestään sopivan ajan kuluessa.
Vaikka potilaat ovat raportoineet epätavallisista, kohtalaisista omepratsolin sivuvaikutuksista. Jotkut ihmiset ovat kokeneet omepratsolireaktioita, jotka jäljittelevät läheisesti yleisten allergiakohtausten oireita, kuten ihottumaa, nokkosihottumaa ja rintakehän puristusta. Nämä potilaat voivat myös huomata hengitysvaikeuksia ja suun, myös kielen ja huulten, turvotusta. Muita haittavaikutusten ilmenemismuotoja ovat flunssan kaltaiset oireet, kuten kuume, vilunväristykset ja kurkkukipu. Potilaiden, jotka kokevat näitä haittavaikutuksia, tulee soittaa määräävälle lääkärille mahdollisimman nopeasti saadakseen ohjeita lääkkeen jatkamisesta.
Hyvin harvinaisissa tapauksissa omepratsolin uskomattoman vakavia sivuvaikutuksia on raportoitu, mukaan lukien voimakas luukipu, kohtaukset ja selittämättömät ja epätavalliset mustelmat ja verenvuoto. Jotkut potilaat ovat myös kokeneet ihon punoitusta ja rakkuloita, vakavia näkömuutoksia ja äärimmäistä väsymystä omepratsolin käytön aikana. Vatsaan voi myös vaikuttaa kivuliaita ja kroonisia kouristuksia ja ripulia. Muita vakavia reaktioita ovat epänormaalin tumma virtsa, käsien ja jalkojen turvotus sekä äkillinen painonnousu. Nämä lääkeallergiareaktiot viittaavat munuais- ja maksaongelmien mahdollisuuteen, ja potilaan tulee ilmoittaa asiasta lääkärille ja hakeutua välittömästi lääkärin hoitoon, jos näitä oireita ilmenee.