Operatiivisessa tarkastuksessa on tyypillisesti kuusi vaihetta, jotka vaihtelevat haastattelujen suorittamisesta ja asiakirjojen keräämisestä valmistelevaan työhön ja lopullisen kirjallisen raportin esittämiseen. Tilintarkastus tulee räätälöidä vastaamaan yrityksen erityistarpeita, joten vakiovaiheet voivat olla vain ohjeellisia. Johto sekä sen sisäiset ja ulkoiset tarkastajat mukauttavat prosessin vastaamaan yhtiön erityisiä tavoitteita.
Operatiivinen tarkastus on katsaus yrityksen sisäisiin prosesseihin. Sen tavoitteena on selvittää, käytetäänkö yrityksen resursseja tehokkaasti, ja tunnistaa tapoja parantaa järjestelmiä. Katsaus sisältää erilaisia tehtäviä, kuten taloudellisen valvonnan, laitteiden kunnon ja henkilöstöresurssit. Suuremmilla yrityksillä on tyypillisesti sisäinen tarkastusosasto, joka hoitaa operatiivisen tarkastuksen. Jotkut yritykset kutsuvat ulkopuolisia konsultteja, jotka ovat erikoistuneet operatiivisiin arviointeihin, suorittamaan tarkastuksen tai työskentelemään yhdessä sisäisen henkilöstön kanssa.
Ensimmäinen askel operatiivisessa tarkastuksessa on tulevan tarkastelun jäsentäminen. Tämä voi edellyttää kokouksen järjestämistä odotusten hahmottamiseksi ja prosessia koskeviin kysymyksiin vastaamiseksi. Ulkoinen tarkastaja käyttää tätä vaihetta kerätäkseen asiaankuuluvaa tietoa yrityksestä ja asettaakseen tarkastuksen tavoitteet. Tässä johdantovaiheessa määritellään tarkastelun laajuus.
Tarkastuksen vaiheet kaksi ja kolme ovat johdon ja työntekijöiden kyselyt. Johtajia haastatellaan yleensä saadakseen tietoja yrityksen järjestelmistä ja menettelyistä. Työntekijöitä haastatellaan ja tarkkaillaan heidän työympäristöissään. Havainnointi voi johtaa tärkeisiin näkemyksiin toiminnallisista puutteista, jotka eivät selviä haastattelusta.
Tarkastussuunnitelman esittäminen on tyypillisesti operatiivisen tarkastuksen neljäs vaihe. Tarkastussuunnitelma on kirjallinen esityslista, jossa esitetään vaiheet, jotka yrityksen on suoritettava tarkastuksen suorittamiseksi. Se on räätälöity ja perustuu tilintarkastajan edellisissä vaiheissa keräämiin tietoihin.
Vaihe viisi on varsinainen tarkastus. Tilintarkastaja toteuttaa tarkastussuunnitelman, joka sisältää yleensä katsauksen yhtiön tuottavuudesta ja myyntitoimista. Talouspuolella hän arvioi laskutusta, kassavirran hallintaa ja raportointiprosesseja. Tilintarkastukseen sisältyvät tavallisesti myös yhtiön riskienhallintamenettelyt. Operatiivinen tarkastus voi sisältää nämä alueet ja kaikki muut alueet, jotka johto katsoo tarpeellisiksi kolmannen osapuolen arvioinnin.
Kuudennessa vaiheessa tarkastaja laatii kirjallisen loppuraportin. Siinä kerrotaan hänen johtopäätöksistään ja suosituksistaan. Tämä raportti voi olla satoja sivuja pitkä yrityksen koosta ja tarkastukseen kuuluvien toiminta -alueiden määrästä riippuen.