Pääkirjan täsmäytys on kriittinen askel sen varmistamisessa, että organisaation taloudellinen toiminta on kirjattu asianmukaisesti, jotta organisaation tilinpäätös voidaan luottaa sen taloudellisen tilanteen tarkkaan kuvaajaksi. Täsmäytyksellä tarkoitetaan eri tietueiden vertaamista sen varmistamiseksi, että luvut ovat paikkansapitäviä ja sopusoinnussa, ja jos ne eivät ole, ne saadaan sovitettua yhteen. Samoin kuin henkilökohtaisen shekkikirjan täsmäyttämisessä, pääkirjan täsmäytyksessä tarkistetaan, että kaikki organisaation tapahtumat kauden aikana on kirjattu oikein. Pääkirjan täsmäyttäminen on tietysti paljon monimutkaisempaa ja usein tietokoneistettua; siitä huolimatta suuren yrityksen pääkirjan täsmäytys voi joskus kestää päiviä.
Ensimmäinen vaihe pääkirjan täsmäytysprosessissa on varmistaa, että täsmäytyksestä vastaavat henkilöt eivät osallistu tilien kirjaamiseen. Valvonta- ja tasapainotusjärjestelmä on välttämätön petosten tai kavallusten estämiseksi. Samoin kaikista tapahtumista olisi pidettävä samanaikaista, pysyvää kirjaa. Esimerkiksi kaikki tulot on kirjattava nopeasti ja talletettava päivittäin pankkiin. Pankille talletettujen määrien ja tulojen väliset erot voivat olla yksinkertaisesti kirjoitusvirheitä, mutta ne voivat myös paljastaa petollisen toiminnan.
Tytäryhtiöiden pääkirjojen kirjausten summat kirjataan pääkirjan ”täsmäytystilille”. Tytäryhtiöiden pääkirjojen merkintöjä, kuten osto- ja myyntisaamisia, on verrattava niiden tositteisiin ja kunkin tytäryhtiön kirjanpidon merkintöjen määrää on verrattava niiden vastaavaan kirjaan pääkirjaan. Pääkirjaan lähettämisessä voi tapahtua useita erilaisia mahdollisia virheitä, ja useimmat niistä eivät liity petokseen tai kavallukseen. Esimerkiksi kohteet voidaan kirjata oikeilla käteismäärillä, mutta väärälle tilille, tai lähetyksen luvut voidaan saattaa osaksi kansallista lainsäädäntöä. Perusteellisen kirjanpidon täsmäytyksen pitäisi paljastaa nämä virheet. Kun havaitaan virheitä tai ristiriitoja, niitä ei pitäisi korjata, vaan ne on kirjattava erikseen ja julkaistava täsmäytysmerkintöinä.
Yksi tärkeimmistä pääkirjan täsmäytyksistä on käteisen täsmäytys, joka vertaa pääkirjanpitoja pankkitalletustietueisiin. Vaikka tässä vaiheessa havaitut virheet voivat olla yksinkertaisia kirjoitusvirheitä, ne on otettava erittäin vakavasti. Jos ne eivät jää kiinni, ne voivat johtaa virheelliseen lausuntoon yhtiön taloudellisesta asemasta tilinpäätöksessä, joka laaditaan kokonaan pääkirjasta.
Toinen tärkeä osa pääkirjan täsmäytyksestä on koesaldo, jossa yksinkertaisesti verrataan kaikkien velkojen summaa kaikkien hyvitysten summaan. Jos nämä kaksi summaa eivät ole samat, tilit ovat epätasapainossa ja ainakin virhe on löydettävä ja tehtävä korjaava merkintä.
Varsinkin suuressa organisaatiossa on järjetöntä odottaa tilinpäätöksen laatimista pääkirjan täsmäyttämiseksi. Sen sijaan pääkirjanpitotilien täsmäytys olisi suoritettava jatkuvasti, kun kirjaukset tehdään, ja tytäryhtiöiden kirjanpitoon kuuluvat osat olisi tarkasteltava ja täsmennettävä niin usein kuin mahdollista. Koesaldo on myös otettava niin usein kuin mahdollista, mutta vähintään kerran kuukaudessa.