Pahoinvointi voi johtua monista eri ongelmista ja olosuhteista. On arvioitu, että mahdollisia syitä on yli 700. Jotkut yleisimmistä pahoinvoinnin syistä ovat infektiot, ruokamyrkytys, raskaus ja liikepahoinvointi. Pahoinvoinnin parantamiseen liittyy yleensä yrityksen selvittää alkuperäinen syy, koska se on usein oire toisesta ongelmasta eikä itsestään. Muita mahdollisia pahoinvoinnin laukaisijoita ovat stressi ja väsymys.
Ruokamyrkytys on yleinen pahoinvoinnin syy. Jos pahoinvointi johtuu bakteereista saastuneesta tai keittämättömästä ruoasta, oireet voivat alkaa äkillisesti. Yleensä oireet häviävät päivän tai kahden kuluttua, vaikka vakavimmat tapaukset voivat kestää kauemmin.
Tiettyjen lääkkeiden tiedetään aiheuttavan pahoinvointia. Esimerkiksi kemoterapiaan liittyvä lääkitys on yleinen sairaus. Pillerit, jotka annetaan potilaille anestesian jälkeen, aiheuttavat myös usein voimakkaan pahoinvoinnin tunteen.
Raskaus on yksi yleisimmistä pahoinvoinnin syistä. Aamupahoinvointi vaikuttaa useimpiin raskaana oleviin naisiin ja voi aiheuttaa pahoinvointia oksentelun kanssa tai ilman. Vaikka raskaus aiheuttaa usein pahoinvointia varhain, se voi myös aiheuttaa sitä koko päivän. Raskaus voi aiheuttaa pahoinvointia noin kuuden viikon kohdalla ja on usein ensimmäinen merkki raskaudesta.
Vaikka suurimmassa osassa pahoinvointitapauksia ei ole vakavaa ongelmaa, on olemassa joitakin vakavia olosuhteita, jotka voivat aiheuttaa sen. Esimerkiksi leikkauksen ja hepatiitin jälkeisten ongelmien tiedetään olevan yleisiä pahoinvoinnin laukaisijoita, ja ne on hoidettava nopeasti diagnoosin jälkeen. Tästä syystä, jos henkilö kärsii pahoinvoinnista pitkään aikaan, hänen on mentävä lääkäriin.
Muita mahdollisia pahoinvoinnin laukaisijoita ovat liikepahoinvointi ja infektiot. Liikepahoinvointi tapahtuu, kun ei ole sovittu siitä, minkä liikkeen henkilö voi nähdä visuaalisesti ja mitä keho aistii. Tätä kutsutaan yleisesti matkasairaudeksi ja sillä voi olla useita muita vaikutuksia, kuten huimausta ja väsymystä.
Joskus pahoinvoinnin todellisen syyn löytäminen vaatii muiden oireiden tarkastelua. Pahoinvointi ilman oksentelua voi esimerkiksi merkitä tietyntyyppistä tilaa, kun taas pahoinvointi ja oksentelu ovat todennäköisemmin ongelma, kuten ruokamyrkytys. Pahoinvointi ja oksentelu pitkään aikaan voivat aiheuttaa nestehukkaa, jota on tärkeää välttää.