Päivittäinen pahoinvointi voi johtua monista sairauksista ja tiloista. Päivittäisen pahoinvoinnin yleisimpiä syitä ovat aamupahoinvointi, ruoansulatushäiriöt ja lääkityksen sivuvaikutukset. Joissakin tapauksissa pahoinvointi voi johtua kroonisesta sairaudesta, joka vaikuttaa ruoansulatuskanavaan. Henkilö voi esimerkiksi kehittää kroonista pahoinvointia mahahaavaan liittyen, joka on reikä joko mahalaukun limakalvossa, putkessa, jonka kautta ruoka kulkee mahaan tai ohutsuoleen.
Naisilla yksi yleisimmistä päivittäisen pahoinvoinnin syistä on aamupahoinvointi. Tämä tila on ominaista pahoinvointi ja usein oksentelu, joka esiintyy raskauden aikana. Se esiintyy todennäköisimmin raskauden ensimmäisten kuukausien aikana ja voi vaikuttaa raskaana olevaan naiseen milloin tahansa vuorokaudenajasta huolimatta, vaikka sitä kutsutaan aamupahoinvoinniksi. Joidenkin naisten pahoinvointi pahenee, kun he eivät ole syöneet vähään aikaan, nousivat sängystä aamulla, syövät suuria aterioita ja altistuvat tietyille hajuille. Aamupahoinvointi voi johtua myös raskauden aikana yleisistä hormonaalisista muutoksista.
Ruoansulatushäiriöt ovat myös yksi yleisimmistä pahoinvoinnin syistä. Pohjimmiltaan ruoansulatushäiriöt tarkoittavat vain vatsavaivoja, ja yksilö voi kehittyä sen syömisen jälkeen liian hitaasti tai liian nopeasti. Joskus ihminen voi myös kehittää sitä, koska hän on syönyt jotain, joka ärsyttää vatsaa. Joissakin tapauksissa henkilöllä, jolla on ruoansulatushäiriöt, voi myös olla närästystä, joka ilmenee, kun mahahapot siirtyvät mahasta ruokatorveen, joka on putki, jonka kautta ruoka tulee mahaan. Närästys voi aiheuttaa myös pahoinvointia.
Lääkkeiden sivuvaikutukset ovat myös yleisimpiä pahoinvoinnin syitä. On olemassa monenlaisia suun kautta otettavia lääkkeitä, reseptilääkkeitä ja käsikauppaa, joiden tiedetään aiheuttavan pahoinvointia joillakin ihmisillä. Jos henkilö ottaa lääkkeen tyhjään vatsaan, hän saattaa kärsiä todennäköisemmin pahoinvoinnista lääkityksen sivuvaikutuksena. Jotkut ihmiset ovat kuitenkin vain herkkiä lääkkeille ja voivat kokea pahoinvointia, vaikka he ottavat lääkkeensä täydellä vatsalla.
Joskus krooninen sairaus on päivittäisen pahoinvoinnin perusta, varsinkin kun sairaus vaikuttaa ruoansulatuskanavaan. Esimerkiksi mahahaava, joka on reikä ihmisen mahalaukussa tai ruokatorvessa, voi aiheuttaa pahoinvointia päivittäin. Henkilöllä, jolla on tämä tila, voi olla jopa reikä ohutsuolen vuorauksessa. Vaikka jotkut ihmiset saattavat uskoa, että mahahaava johtuu stressistä tai mausteisista elintarvikkeista, tämä on virheellinen käsitys. Bakteerit aiheuttavat useimmissa tapauksissa peptisiä haavaumia, mutta stressi voi edistää niiden kehittymistä.