Vaikka pantopratsolinatriumin ensisijainen käyttö on ruoansulatuskanavan haavaumien hoito, tutkimukset ovat osoittaneet, että sillä on useita muita tehokkaita käyttötarkoituksia. Toinen tapa, jolla lääkettä voidaan käyttää, on gastroesofageaalisen refluksitaudin ja eroosioesofagiitin hoito, joka ilmenee pääasiassa silloin, kun gastroesofageaalisen refluksitaudin oireita ei hoideta. Lisäksi tämän lääkityksen on havaittu helpottavan niitä, jotka kärsivät mahahapon ylituotantoon liittyvistä kroonisista sairauksista.
Yksi pantopratsolinatriumin yleisimmistä käyttötavoista on ruoansulatuskanavan haavaumien hoito. Pantopratsolinatriumin on todettu olevan tehokas tämän sairauden hoidossa, koska se kykenee vähentämään mahahapon määrää, jolloin haavaumat paranevat kauemmin. Lisäksi tämän lääkityksen on todettu olevan tehokas ehkäisemään muita mahahaavoja, joten se on erinomainen valinta henkilöille, jotka eivät pysty käymään aggressiivisia hoitomuotoja.
Pantopratsolinatriumin on myös todettu olevan erittäin tehokas bakteeri -infektioiden hoidossa. Tutkimukset ovat kuitenkin osoittaneet, että lääkitys on tehokkain, kun sitä käytetään Helicobacter pylori -bakteeriin liittyvien infektioiden hoitoon. Useimmissa tapauksissa näitä infektioita esiintyy ruoansulatuskanavassa ja ne ovat melko vakavia, jos niitä ei käsitellä. Usein potilaiden, joille on määrätty pantopratsolinatriumia bakteeri -infektiohoitoa varten, on myös otettava probiootteja, jotta ruoansulatuskanava toimii oikein.
Ne, joilla on diagnosoitu gastroesofageaalinen refluksitauti, joka tunnetaan myös nimellä GERD, voivat myös saada lievitystä käyttämällä pantopratsolinatriumia. GERD on sairaus, jossa mahalaukun hapot palaavat ruokatorveen aiheuttaen närästystä ja muita kivuliaita oireita. Hoitamattomana GERD voi johtaa syövyttävän ruokatorvitulehduksen kehittymiseen.
Pantopratsolinatriumin on myös todettu olevan tehokas hoitomuoto niille, jotka kärsivät sairauksista, jotka johtavat mahahapon lisääntymiseen. Useimmissa tapauksissa ne, jotka käyttävät pantopratsolinatriumia tähän tarkoitukseen, voivat jäädä lääkkeeseen pitkäksi aikaa, ellei koko elämänsä ajan. Tyypillisesti näille potilaille annetaan hyvin pieni annos lääkitystä myrkyllisen kertymisen estämiseksi.