Vaikka bakteeri -infektioiden hoitoon on saatavilla lukuisia antibiootteja, tiettyjä tyyppejä pidetään parhaina klamydian hoidossa. Useimmat lääkärit ovat määrittäneet kaksi ensimmäisen valinnan klamydia-antibioottia atsitromysiini ja doksisykliini. Erytromysiini, ofloksasiini ja levofloksasiini ovat kaikki lääkkeitä, joita voidaan myös määrätä, ja amoksisilliiniä käytetään joskus raskaana olevien naisten hoitoon. Jokaisella lääkkeellä on etuja ja haittoja annostusohjelman, hinnan ja sivuvaikutusten suhteen.
Atsitromysiiniä pidetään yhtenä kahdesta parhaasta klamydiahoidon antibiootista. Se on erittäin helppo ottaa, vaatii vain yhden annoksen, ja se parantaa sairauden 95%: ssa tapauksista. Ihmiset, joilla on kroonisia, toistuvia klamydiatapauksia, voivat erityisen hyvin hoidettaessa tällä lääkkeellä, ja sitä pidetään turvallisena käyttää raskauden aikana. Lääkkeen haittana on, että se on yleensä kalliimpaa kuin muut hoidot ja voi aiheuttaa pahoinvointia tai oksentelua.
Toinen suosituimmista klamydian antibiooteista on doksisykliini. Tätä lääkettä on käytetty klamydiahoitoon pidempään kuin muita, ja sen, kuten atsitromysiinin, onnistumisprosentti on 95%, kun sitä käytetään oikein. Annos on kuitenkin paljon vähemmän toivottava, koska se on otettava neljä kertaa päivässä seitsemän päivän ajan, mikä tekee potilaista todennäköisempiä noudattamaan hoitoa oikein tai loppuun asti. Se voi myös aiheuttaa pahoinvointia, oksentelua ja hiiva -infektioita naisilla, eikä sitä tule käyttää raskauden tai imetyksen aikana. Sen etuna on, että se on halvempaa kuin atsytromysiini.
On olemassa useita muita lääkkeitä, jotka voidaan määrätä antibiooteiksi klamydian hoitoon ja joiden tiedetään olevan tehokkaita sairauden hoidossa. Ofloksasiinin ja levofloksasiinin, kahden samankaltaisen lääkkeen, paranemisnopeudet ovat verrattavissa atsytromysiiniin ja doksisykliiniin, mutta ne maksavat enemmän ja vaativat seitsemän päivän annosteluohjelman sekä aiheuttavat riskiä jännevaurioista käytön aikana. Siksi niillä on vain vähän etuja muihin lääkkeisiin verrattuna. Erytromysiini on toinen vaihtoehto; se on halvempaa kuin muut hoidot, ja raskaana olevat naiset voivat ottaa sen, mutta se on vähemmän tehokas kuin jotkut muut lääkkeet, se on otettava seitsemän päivän ajan ja voi aiheuttaa voimakasta pahoinvointia ja oksentelua. Amoksisilliinia suositellaan myös joskus hoidettaessa raskaana olevia naisia, joilla on klamydia, vaikka sen paranemisnopeus ei ole yhtä korkea kuin atsitromysiini, ja se on myös otettava seitsemän päivän ajan, jotta se olisi tehokas.