Parhaiden gonorrean antibioottien valinta voi riippua useista tekijöistä. Näitä ovat yksilön aiempi vastaus ensimmäisen linjan lääkkeisiin ja läsnä oleva gonorrea. Sillä on myös merkitystä, jos ihmiset ovat samanaikaisesti tartunnan saaneet klamydiaan, mikä ei ole erityisen harvinaista. Näissä tapauksissa voi olla tarpeen kokeilla useampaa kuin yhtä antibioottia.
Vuodesta 2007 lähtien Yhdysvaltain tautien torjuntakeskukset (CDC) julkaisivat selkeitä oppaita siitä, miten valita parhaat antibiootit tippurille. Vähän ennen tätä julkaisua tutkimukset osoittivat, että yksi yleinen antibakteeristen lääkkeiden ryhmä, nimeltään florokinolonit, oli alkanut olla tehoton ja sukupuolitautien kannat osoittivat vastustuskykyä sille. Kuten käy ilmi, gonorrhea on käyttäytynyt tällä tavalla aiemmin muiden antibioottien kanssa. Se ei yleensä reagoi hoitoon lääkkeillä, kuten penisilliinillä tai tetrasykliinillä.
CDC antoi suosituksia parhaista lääkkeistä gonorreaan perustuen tähän äskettäin löydettyyn resistenssiin florokinoloneille, mikä viittaa siihen, että ihmiset, joilla on yksinkertaisia sukupuolielinten gonorreaali -infektioita, saavat yhden keftriaksoni -injektion lihakseen. Tämä on kefalosporiinilääke. Keftriaksoni on myös tarkoitettu kurkunpään, nielun gonorrean, hoitoon.
Jos sairaus on monimutkainen klamydiainfektion vuoksi, tyypillisesti lisätään toinen suun kautta otettava antibiootti, joka voi olla yksi useista tyypeistä, ja se voi sisältää yleisiä lääkkeitä, kuten Zithromax®. On myös muutamia keftriaksonin kaltaisia lääkkeitä, joita ei ole saatavana Yhdysvalloissa, ja nämä voivat olla ihanteellisia korvikkeita. Lisäksi jos gonorrhea on monimutkainen infektio, ensimmäistä injektiota voidaan seurata suun kautta annettavilla antibioottiannoksilla.
Joissakin tapauksissa keftriaksoni aiheuttaa ongelmia. Koska se on kefalosporiini, jotkut ihmiset ovat allergisia sille, jos he ovat allergisia penisilliinille. Vaihtoehto on etsiä seuraavaksi parhaat antibiootit gonorrealle. Sen sijaan voidaan käyttää lääkkeitä, kuten doksisykliiniä tai klaritromysiiniä. Toinen tapa on käyttää lääkkeen herkistymistä ennen sen antamista. Useimmiten sitä ei tarvitse tehdä, ja muut lääkkeet korvaavat sen riittävästi. Tiedetään, että Zithromaxin kaltaiset lääkkeet hoitavat mutkatonta gonorreaa, mutta on huolestuttavaa, että gonorrhea -kannat kestävät lopulta myös atsitromysiiniä.
Potilaan lääkeallergioiden täydellinen tutkimus ja historia ovat tärkeitä, jotta voidaan valita parhaat antibiootit gonorrealle. Lääkärit käyttävät ohjeita, mutta tekevät päätöksiä tapauskohtaisesti. Nämä päätökset eivät aina ole identtisiä ohjeiden kanssa. Lisäksi lääkäreiden on edelleen arvioitava potilaan toipumista. Joskus lisähoitoa tarvitaan, vaikka paras ja suositeltu hoito on käytetty.