Bonsain kastelu on herkkä taide. Valitettavasti bonsai -kasteluun ei ole olemassa mitään hullunkestävää menetelmää, jota voidaan noudattaa kaavallisesti terveille kasveille. Jokainen bonsai on erilainen, ja sen yksilölliset tarpeet voivat vaihdella puun, vuodenajan, ruukkialustan ja itse ruukun mukaan. Tietyn bonsai -mieltymysten oppiminen voi viedä jonkin verran yritystä ja erehdystä, ja monilla asiantuntijoilla on tarinoita surusta bonsai -heistä, jotka he tappoivat vahingossa, kun he olivat juuri aloittamassa.
Ensimmäinen asia, joka on otettava huomioon bonsai -kastettaessa, on puun ilmoitettu veden tarve. Jotkut puut esimerkiksi pitävät parempana kuivia olosuhteita, kun taas toiset pitävät kosteasta maaperästä tai saattavat haluta pysyä kosteina kosteudessa suhteellisen kuivan maaperän kanssa. Nämä tarpeet muuttuvat erityisen monimutkaisiksi ruukussa, koska luonnossa puu voi hallita vedenottoa levittämällä juuriaan vastaavasti ja sopeutumalla ympäristöön. Bonsai -ruukussa puu on viljelijän armoilla, mikä tarkoittaa, että ihmisten on oltava tarkkaavaisia bonsai -kastettaessa.
Pääsääntöisesti bonsai tulee kastella aina, kun puu on kuiva. Monet ihmiset voivat kertoa, onko bonsai kuiva vain katsomalla sitä, koska maaperän väri ja rakenne muuttuvat. Puutarhurit voivat joskus kertoa myös nostamalla potin ja tuntevat painon muutoksen; henkilöille, joilla on vähemmän kokemusta, sormi voidaan työntää maaperään sen määrittämiseksi, onko yläosa kuiva. Bonsai kuivuu eri nopeuksilla suhteellisen kosteuden ja lämpötilan mukaan, joten ihmisten ei pitäisi luottaa kasteluun aikataulun mukaan.
Jos kasvi on kuiva, se olisi parasta kastella aamulla. On olemassa erilaisia suosituksia kastelumenetelmästä. Jotkut ihmiset ehdottavat, että bonsai-kastelu olisi tehtävä kaksisyklisessä järjestelmässä. Ensimmäisen kierroksen aikana vettä voidaan ripotella kastelukannulla kattilaan, kunnes tyhjennysreiät alkavat vuotaa. Sitten laitoksen on annettava levätä 15-20 minuuttia ennen toista kastelukierrosta. Toiset suosittelevat, että bonsai kastellaan kolme kertaa, ”kerran ruukulle, kerran maaperälle ja kerran puulle”. Ihmisten tulisi ottaa huomioon, kuinka tietty bonsai sopeutuu kastelukäytäntöihin, ja tehdä muutoksia sen mukaisesti. Jotkut kasvit esimerkiksi haluavat kastella kahdesti päivässä, kun taas toiset voivat mennä viikon tai enemmän ilman vettä.
Bonsai -kastettaessa on tärkeää välttää veden pääsyä lehtiin ja kukkiin, koska se voi aiheuttaa vahinkoa, jos se tapahtuu rutiininomaisesti. Kasvit kuitenkin arvostavat ajoittain, että ne sumutetaan tai ruiskutetaan varovasti pölyn poistamiseksi lehdistä.
Kun bonsai ei saa tarpeeksi vettä, niillä on taipumus kehittää kuihtuneita ja kellertäviä lehtiä, ja kukinta ja lehtiminen voivat vaimentua. Puut, jotka saavat liikaa vettä, voivat kaatua, muuttua keltaisiksi tai ruskeiksi, ja jos juurimädän annetaan asettua, ne voivat alkaa luetella sivulle. Bonsai -hoito voi myös olla monimutkaista siirtämällä ruukkua tai istuttamalla uudelleen; molemmat tapahtumat voivat järkyttää puun ja saada sen reagoimaan pudottamalla lehtiä tai kellastumaan.