Sisäisten peräpukamien hoidot alkavat tyypillisesti elämäntapamuutoksilla ja käsikauppalääkkeillä, mutta ne voivat edetä invasiivisempiin lääketieteellisiin ja jopa kirurgisiin tekniikoihin. Monille ihmisille peräpukaman oireita voidaan hallita muuttamalla ruokavaliota ja käyttämällä paikallisia tulehduskipulääkkeitä. Tapauksissa, joissa nämä sisäisten peräpukamien hoidot eivät tarjoa riittävää helpotusta, lääketieteellinen interventio voi olla tarpeen. Lääkärit voivat aloittaa hoidon ns. Fiksaatiomenetelmillä, jotka katkaisevat verenkierron peräpukamalle, mutta joudutaan ehkä turvautumaan sellaisten peräpukamien leikkaamiseen, jotka eivät reagoi muuhun hoitoon. Henkilöiden, jotka kokevat peräsuolen kipua tai verenvuotoa, tulee aina hakeutua lääkärin hoitoon, koska nämä oireet voivat olla merkkejä paljon vakavammista sairauksista, kuten syövästä.
Terveydenhuollon ammattilaiset neuvovat usein ihmisiä, joilla on sisäisiä peräpukamia, aloittamaan hoidon vähentämällä ummetusta, mikä voi johtaa rasitukseen, joka aiheuttaa peräpukamien kehittymisen. Esimerkiksi peräpukaman kärsivälle voidaan neuvoa juomaan enemmän vettä, saamaan enemmän kuitua ruokavalioonsa ja tarvittaessa ottamaan kuitulisiä. Joissakin tapauksissa voidaan suositella ummetuksen käsikauppalääkkeitä, mukaan lukien ulosteenpehmennysaineet. Näiden ruokavalion muutosten lisäksi häntä voidaan kehottaa hakeutumaan helpotukseen käsikauppalääkkeiden avulla. Joitakin näistä voiteista voidaan käyttää sisäisesti käyttämällä erityistä suutinta, joka voidaan asettaa peräsuoleen.
Jos nämä konservatiiviset hoidot sisäisille peräpukamille eivät toimi, lääkäri voi neuvoa hoitojakson, joka voi aiheuttaa peräpukamien lopulta kutistumisen ja pudotuksen. Yksi yleinen hoitomuoto on kuminauhan ligaatio, jossa joustavat nauhat asetetaan peräpukamien ympärille veren virtauksen katkaisemiseksi. Muita vaihtoehtoja ovat infrapuna -koagulaatio, jossa jonkinlaista lämmönlähdettä, mukaan lukien laser, käytetään vaurioittamaan peräpukamakudosta, mikä taas rajoittaa verenkiertoa. Lopuksi lääkäri voi pistää nestettä peräpukamiin, mikä aiheuttaa samanlaisen vaikutuksen verenkierron vähentämiseen siten, että peräpukamat lopulta hajoavat.
On mahdollista saada kirurgisia hoitoja sisäisille peräpukamille, vaikka tämä vaihtoehto on yleensä varattu tapauksissa, joissa henkilö ei reagoi ei -kirurgiseen hoitoon ja hänen oireensa ovat riittävän vakavia leikkauksen vaatimiseksi. Kirurgiset hoidot tuovat mukanaan enemmän vaaraa, enemmän kustannuksia ja pidemmän toipumisajan. Sellaisena ei -kirurgisia hoitoja suositellaan tyypillisesti iäkkäille tai terveysongelmista kärsiville henkilöille komplikaatioiden ja potilaan terveydelle aiheutuvan lisäuhan estämiseksi.