Parhaita maissinviljelymenetelmiä ovat perinteinen, säilyttäminen, vähennetty maanmuokkaus ja moniviljelyistutus. Useimmissa maissintuotantotyypeissä viljelykiertoa käytetään maaperän ylläpitämiseen pitkään. Yksi maissin kasvatuksen haasteista on, että parhaat viljelymenetelmät riippuvat yleensä paikallisista olosuhteista. Jotkut maissilajit sopivat paremmin esimerkiksi kuiviin olosuhteisiin, ja ne voivat kasvaa parhaiten alueella, jolla on usein kuivuutta. Kestävän maissinviljelyn monimutkaisuus tarkoittaa, että paras menetelmä yhdelle alueelle voi olla tehoton tai haitallinen toisella.
Perinteinen maatalous käyttää auraa tai murskainta lähes kaiken kasvimateriaalin poistamiseksi maissia lukuun ottamatta. Rikkakasveja ja tuholaisia torjutaan usein kemikaaleilla. Hybridi- ja geneettisesti muunnettujen maissilajikkeiden ansiosta perinteinen maissinviljely voi tuottaa suuria satoja pienillä alueilla. Tätä maissinviljelymenetelmää ei kuitenkaan aina pidetä parhaana, koska sillä on huono eroosio- ja kosteudenhallinta, ja yksi parhaista menetelmistä eroosion ja kosteuden hallitsemiseksi on aivan erilainen kuin perinteinen maatalous.
Suojelumaatalous, äärimmäisessä muodossa, jättää usein kaiken olemassa olevan kasvikerroksen tai mädän. Rivit leikataan yleensä maahan ja lannoite levitetään yleensä aukkoihin. Siemenet istutetaan sitten riveihin ja kasvavat aukoista. Tätä maissinviljelymenetelmää pidetään usein parhaana alueilla, joilla on eroosio -ongelmia, koska se säilyttää suurimman osan olemassa olevasta maaperästä. Kosteus säilyy myös säilyttävässä maataloudessa, mikä tekee siitä usein parhaiten alueilla, joilla sataa vähän.
Vähennetyt maanmuokkauskäytännöt ovat samanlaisia kuin luonnonsuojelu, ensisijainen ero on se, että osa rikkakasveista ja kasvimateriaalista muokataan takaisin maaperään. Osa alkuperäisestä nurmikosta on jäänyt, pääasiassa rivien väliin. Viljelykasvien jättämän kasvimateriaalin polttamista ja tuhkan muokkaamista maaperään käytetään myös vähennetyssä maanmuokkauskäytännössä joidenkin ravinteiden palauttamiseksi maaperään. Tätä maissinviljelymenetelmää pidetään usein parhaana pienimuotoisessa maataloudessa.
Monikulttuurinen istutus yrittää yleensä vähentää rikkakasveja ja tuholaisia istuttamalla useita lajeja samaan tonttiin. Kasveja, jotka sitovat typpeä maaperään, kuten monenlaisia papuja, voidaan lisätä maissipeltoon. Yksi esimerkki monikulttuurin istutuksesta on yhdysvaltalaisessa maatalouskäytännössä, joka tunnetaan nimellä kolme sisarta. Maissi, pavut ja kurpitsa istutetaan samalle alueelle. Maissi tarjoaisi pavuille kasvualueen, pavut voisivat palauttaa typen maaperään ja kurpitsa voisi peittää maan maaperän ja kosteuden säilyttämiseksi.