Toisin kuin cupcakes, muffinit liittyvät läheisemmin leivään, koska ne voivat olla suolaisia tai makeita, vaativat vähemmän sokeria ja sisältävät yleensä vähemmän nopeasti. Monet ihmiset saattavat kamppata tekemään hyviä kotitekoisia muffinsseja normaalisti, koska he noudattavat samoja yleisiä ohjeita kuppikakkujen leipomisesta. Paras vinkki muffinssien tekemiseen on, että ainesosia ei sekoiteta liikaa ja että käytetään vain tuoreita tuotteita. On myös tärkeää varmistaa, että muffinit kohoavat kunnolla mittaamalla tasaisesti ja tarkkailemalla epätasaista paistamista.
Kun teet kotitekoisia muffinsseja, on tärkeää sekoittaa ainekset kunnolla, jotta vältetään kuivia, raskaita tai karkeita tekstuureja. Normaalisti märät ainekset sekoitetaan erillään kuivista aineksista ennen kuin ne lopullisesti sekoitetaan keskenään. Monet leipurit suosittelevat aineiden sekoittamista käsin, jotta vältetään liiallinen sekoittaminen. Tavoitteena on tyypillisesti paakkuinen taikina, jossa kuivat aineet vain kostutetaan. Tämän pitäisi luoda kevyitä ja pörröisiä muffinsseja, jotka nousevat hyvin.
Vaikka sekoitusmenetelmä on tärkeä, ainesosien laatu on myös avainasemassa. Jotkut ihmiset suosittelevat märkien ainesosien käyttöä huoneenlämmössä paremman sekoittamisen ja nopeamman paistamisen mahdollistamiseksi. Myös tuoreet raaka -aineet ovat etusijalla, erityisesti tuore ruokasooda ja leivinjauhe, koska tämä auttaa muffinsseja nousemaan korkeammalle. Lisättyjä ainesosia, kuten pähkinöitä ja kuivattuja hedelmiä, tulee myös päällystää jauhoilla ennen niiden lisäämistä taikinaan, koska tämä voi estää niiden uppoamisen kotitekoisten muffinssien pohjalle paistamisen aikana. Ne voidaan myös laittaa taikinan päälle juuri ennen seoksen laittamista uuniin.
Jotkut saattavat ajatella, että muffinsekoituksella korkeammalla täytetyt kupit johtavat suurempiin kotitekoisiin muffinsseihin; tämä voi kuitenkin johtaa litteisiin yläosiin, jotka ylittyvät pannulle. Tämä johtuu siitä, että kupeissa ei ole tarpeeksi tilaa taikinan nousemiseen ja kuohkeamiseen. Kupit on sen sijaan täytettävä noin kaksi kolmasosaa-kolme neljäsosaa täyteen. Jotta kuhunkin kuppiin mahtuu sopiva määrä taikinaa, voidaan käyttää jäätelökauhaa tai keittokauhaa. Kuppien pohjien ja puolivälin voitelu voi myös auttaa luomaan suurempia muffinssipintoja.
On tärkeää varmistaa, että kotitekoiset muffinit paistuvat tasaisesti. Ensimmäinen tapa tehdä tämä on yleensä varmistaa, että uuni on täysin esilämmitetty. Monet ihmiset suosittelevat myös veden lisäämistä tyhjiin kuppeihin ennen kuin asetat astian uuniin. Tämä mahdollistaa lämmön jakautumisen tasaisesti ja voi jopa estää astian muodonmuutoksen. Jotkut leipurit jopa ehdottavat pannun asettamista leivinpaperille, jotta muffinssien pohjat eivät paistaisi liikaa.