Vaikka kreikkalainen jogurtti on monipuolinen ja sitä voidaan käyttää korvaamaan monia rasvaisempia ja kaloreita sisältäviä ainesosia, leipominen kreikkalaisen jogurtin kanssa vaatii huolellisuutta parhaiden tulosten saavuttamiseksi. Yksi kreikkalaisen jogurtin kanssa leipomisen tärkeimmistä näkökohdista resepteissä, jotka eivät sitä erityisesti vaadi, on tarkkailla taikinaan tai taikinaan lisättävän nesteen määrää, koska kreikkalaisessa jogurtissa on vähemmän nestettä kuin rajoittamattomassa jogurtissa, maidossa ja kirnupiimä. Toinen asia, joka on otettava huomioon paistettaessa kreikkalaisen jogurtin kanssa, on se, miten se vaikuttaa lopullisen leivotun tuotteen tekstuuriin, koska rasvaisen ainesosan, kuten öljyn tai munien, puute voi aiheuttaa lopullisen kakun, muffinssin tai evästeen tiheä ja mahdollisesti kumimainen. Vaikka kreikkalaisella jogurtilla on vähemmän taipumusta erottua kypsennettäessä, kreikkalaisen jogurtin kanssa leivonnassa käytettävä lämmön määrä voi pakottaa sen erottumaan, ellei lisäaineita – kuten munanvalkuaista tai maissitärkkelystä – ole lisätty vaikutuksen estämiseksi.
Kreikkalainen jogurtti valmistetaan samalla tavalla kuin useimmat muut jogurttilajit, paitsi että se on kiristetty lähellä käsittelyä, jotta saadaan paksumpi, vähemmän vetinen koostumus. Tämä tarkoittaa sitä, että reseptejä, joissa vaaditaan ainesosia, kuten smetanaa, kermajuustoa, kermavaahtoa tai jopa tietyntyyppisiä pehmeitä juustoja, voidaan korvata kreikkalaisella jogurtilla ilman muutoksia käytettyihin määriin. Monissa tapauksissa voidaan saavuttaa perinteisempiä leivontatuloksia, jos käytetään täysrasvaista kreikkalaista jogurttia.
Paistettaessa kreikkalaisen jogurtin kanssa reseptissä, jossa jogurttia käytetään nestemäisen tuotteen korvikkeena, on kiinnitettävä huomiota kreikkalaisen jogurtin osuuteen, joka lisätään suhteessa alkuperäiseen pyydettyyn määrään. Kreikan jogurtissa pienempi nestemäärä tilavuuteen verrattuna maitoon, kirnupiimään tai kermaan voi johtaa lopputuotteeseen, joka on kuiva tai mureneva. Kompensoimiseksi taikinaan tulee lisätä enemmän kreikkalaista jogurttia tai vaihtoehtoisesti lisätä jonkin verran jonkin muun tyyppistä märkää ainesosaa, kuten omenakastiketta.
Jos kreikkalaista jogurttia käytetään rasvan määrän vähentämiseen reseptissä, lopullisten leivonnaisten rakenne voi olla erilainen kuin suunniteltu. Kakut, muffinit ja evästeet voivat muuttua hyvin tiheiksi ja pureskeltaviksi, jos taikinassa tai taikinassa ei ole tarpeeksi rasvaa. Vaikka kreikkalainen jogurtti korvaa suurimman osan rasvasta reseptissä, jonkin verran alkuperäistä rasvaa – olipa se sitten voita, öljyä tai munankeltuaisia - on säilytettävä koostumuksen ylläpitämiseksi.
Paistaminen kreikkalaisen jogurtin kanssa voi aiheuttaa jogurtin rikkoutumisen ja hajoamisen juustoksi ja heraksi. Tämä johtuu siitä, että kuumuus voi saada jogurtin proteiinit tarttumaan, kutistumaan ja vetäytymään erilleen nestemäisestä herasta. Yksi tapa välttää tämä on sekoittaa kreikkalainen jogurtti johonkin, kuten munanvalkuaiseen tai maissitärkkelykseen, proteiinien vakauttamiseksi ennen kuin jogurtti lisätään muihin ainesosiin.